Abrégé

The present disclosure relates to compositions and methods for producing carotenoids. The present disclosure provides genetically modified cells (e.g., microbes) that comprise a transgene encoding a ferredoxin protein, and methods of making and using said genetically modified cells. The present disclosure also provides genetically modified cells (e.g., microbes) that comprise a transgene encoding a CBP or a genetic modification capable of increasing the expression of a CBP, and methods of making and using said genetically modified cells.

Classes IPC  ?

• C07K 14/395 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant de champignons provenant de levures provenant de Saccharomyces
• C12N 9/02 - Oxydoréductases (1.), p. ex. luciférase
• C12N 9/10 - Transférases (2.)
• C12N 9/90 - Isomérases (5.)
• C12N 9/00 - Enzymes, p. ex. ligases (6.)ProenzymesCompositions les contenantProcédés pour préparer, activer, inhiber, séparer ou purifier des enzymes
• C12P 23/00 - Préparation de composés contenant un cycle cyclohexène comportant une chaîne latérale non saturée d'au moins dix atomes de carbone liés par des doubles liaisons conjuguées, p. ex. carotènes
• C12R 1/865 - Saccharomyces cerevisiae

Abrégé

The present disclosure provides systems, methods, and compositions for performing iterative genomic editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

This disclosure provides compositions and methods useful for editing a target nucleic acid molecule. This disclosure provides MAD2019-H848A variant polypeptides, reverse transcriptases, and fusion proteins and methods of using MAD2019-H848A variant polypeptides, reverse transcriptases, and fusion proteins to edit nucleic acid molecules both in vivo and in vitro.

Classes IPC  ?

• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

Geranyl pyrophosphate (GPP) is rapidly converted to farnesyl pyrophosphate in cells, which prevents the accumulation of GPP. Increased amounts of GPP production are desired for a variety of commercial purposes. This disclosure provides methods and compositions for increasing the production of geranyl pyrophosphate in cells. This disclosure provides methods and compositions related to expression of heterologous geranyl pyrophosphate synthases as well as chimeric geranyl pyrophosphate synthases.

Classes IPC  ?

• C12N 9/10 - Transférases (2.)
• C07K 14/395 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant de champignons provenant de levures provenant de Saccharomyces
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12P 5/00 - Préparation des hydrocarbures

Abrégé

e.g.e.g., 2-phenylethanol (2-PE), bakuchiol, p-coumaric acid, and its metabolites.

Classes IPC  ?

• C12N 1/18 - Levure de boulangerieLevure de bière
• C12N 9/10 - Transférases (2.)
• C12N 9/88 - Lyases (4.)
• C12P 7/22 - Préparation de composés organiques contenant de l'oxygène contenant un groupe hydroxyle aromatiques
• C12R 1/865 - Saccharomyces cerevisiae

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure relates to various different types of mutations or modifications in Saccharomyces cerevisiae coding and noncoding regions leading to enhanced cellobiohydrolase I production for, e.g., supplements and nutraceuticals.

Classes IPC  ?

• C12N 9/42 - Hydrolases (3.) agissant sur les composés glycosyliques (3.2) agissant sur les liaisons bêta-glucosidiques-1, 4, p. ex. cellulase
• C07K 14/395 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant de champignons provenant de levures provenant de Saccharomyces

Abrégé

The present disclosure relates to compositions and methods for delivery of large DNA payloads into various loci in the genomes of a population of live cells at library scale. An advantage of the present methods and compositions is that they leverage molecular biology techniques to construct an editing vector library comprising several to many large payloads configured to integrate into several to many different loci in the genomes of cells in a population of cells in an efficient and cost-effective manner. The methods involve two rounds of cloning, with each round conducted in bulk or in "one pot", resulting in a library of editing vectors.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C40B 40/06 - Bibliothèques comprenant des nucléotides ou des polynucléotides ou leurs dérivés
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells; specifically, the present disclosure provides Type V MAD nucleases (e.g., RNA-guided nucleases or RGNs) with altered PAM preferences and/or altered activity at different temperatures or fidelity, and/or varied nuclease activities; all changes that may increase the versatility of a nucleic acid-guided nuclease for certain editing tasks.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Produits et services

Custom manufacture of microorganisms for use in manufacturing of chemicals, small molecules, pharmaceuticals, nutraceuticals, proteins and food additives Research and development in the field of biotechnology

Abrégé

This invention relates to modules and automated, integrated, end-to-end closed instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12M 1/06 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens d'introduction de gaz avec agitateur, p. ex. avec agitateur à turbine
• C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies

Abrégé

The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs

Abrégé

Methods and compositions useful for increasing the production of bacteriophage T7 RNA polymerase (T7RNAP) are provided herein. In some aspects, the methods and compositions include the use of a T7RNAP inhibitory aptamer. Novel T7RNAP promoters of varying activities are also provided.

Classes IPC  ?

• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression

Abrégé

This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transduction followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
• C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
• C12N 5/074 - Cellules souches adultes
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux
• C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure relates to synthetic biology and, in particular, the expression of heterologous proteins in a microbial cell, and engineered enzymes for achieving the same.

Classes IPC  ?

• C07K 14/415 - Peptides ayant plus de 20 amino-acidesGastrinesSomatostatinesMélanotropinesLeurs dérivés provenant de végétaux
• C12N 9/10 - Transférases (2.)

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods, systems, and instruments for improved nucleic acid-guided nuclease editing in live cells, wherein the live cells are shifted into a growth-arrested state for editing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 1/20 - BactériesLeurs milieux de culture
• C12N 1/38 - Stimulation chimique de la croissance ou de l'activité par addition de composés chimiques qui ne sont pas des facteurs essentiels de croissanceStimulation de la croissance par élimination d'un composé chimique
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli

Abrégé

The present disclosure provides technologies for predicting a phenotype of a microbial cell using machine learning models trained using high-content imaging data (HCI). Also provided are methods of engineering a microbial cell to possess a phenotype of interest. Example phenotypes include the production of a target compound or biomolecule of interest. The provided technologies are useful for the efficient biomanufacturing of target compounds.

Classes IPC  ?

• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p. ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions of matter to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing methods, as well as systems and instruments for performing these methods and using these compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/62 - Séquences d'ADN codant pour des protéines de fusion
• C12N 5/071 - Cellules ou tissus de vertébrés, p. ex. cellules humaines ou tissus humains
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions of matter to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing methods, as well as systems and instruments for performing these methods and using these compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure relates to synthetic biology and, in particular the bioproduction of isoprenoids using heterologous expression of 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme-A reductase (HMGR) enzyme(s).

Classes IPC  ?

• C12N 9/04 - Oxydoréductases (1.), p. ex. luciférase agissant sur des groupes CHOH comme donneurs, p. ex. oxydase de glucose, déshydrogénase lactique (1.1)
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion editing in live cells. Editing efficiency is improved using fusion proteins (e.g., the nickase-RT fusion) that retain certain characteristics of nucleic acid-directed nucleases (e.g., the binding specificity and ability to cleave one or more DNA strands in a targeted manner) combined with reverse transcriptase activity. Editing cassettes are employed, comprising a gRNA and a repair template where the 3′ end of the repair template is protected from degradation.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]

Abrégé

The present disclosure provides systems, methods, and compositions for performing iterative genomic editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides automated multi-module instrumentation and automated methods for performing recursive editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure relates to synthetic biology and, in particular, the bioproduction of bakuchiol, and engineered enzymes for producing the same.

Classes IPC  ?

• C12P 7/22 - Préparation de composés organiques contenant de l'oxygène contenant un groupe hydroxyle aromatiques

Abrégé

The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The current disclosure relates to compositions and methods relating to engineered polypeptides that can encode guaiene synthases that are selective for alpha-guaiene. The engineered polypeptides can also catalyze the production of increased amounts of alpha-guaiene. The disclosure also relates to host cells including the engineered polypeptides that can be used to produce large quantities of alpha-guaiene and its derivatives. The disclosure also relates to methods of producing alpha-guaiene employing said host cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/88 - Lyases (4.)
• A61K 31/352 - Composés hétérocycliques ayant l'oxygène comme seul hétéro-atome d'un cycle, p. ex. fungichromine ayant des cycles à six chaînons avec un oxygène comme seul hétéro-atome d'un cycle condensés avec des carbocycles, p. ex. cannabinols, méthanthéline
• C11D 3/50 - Parfums
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/82 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules végétales

Abrégé

Compositions of matter, methods, modules, and automated instruments may relate to synthesizing a library including an editing cassette including a different gRNA and donor DNA pair, amplifying the editing cassette in a partition separate from other editing cassettes in the library, adding nuclease to the partition, and adding lipofectamine to the editing cassette and nuclease to form a lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. A microcarrier coated in extracellular matrix or a cell adhesion molecule coating may be added to the lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. Cell growth material, the microcarrier, and mammalian cells may be transferred to a growth module in an automated closed cell editing instrument via a liquid handling system. The mammalian cells may be allowed to seed on the microcarrier. Conditions may be provided for the mammalian cells to take-up and be edited by a payload associated with the lipofectamine/nucleic acid/nuclease complex. The mammalian cells may be detached from the microcarrier.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12N 5/074 - Cellules souches adultes
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
• C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
• C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse

Abrégé

in vivoin vitroin vitro.

Classes IPC  ?

• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

Provided herein are methods and composition for trackable genetic variant libraries. Further provided herein are methods and compositions for recursive engineering. Further provided herein are methods and compositions for multiplex engineering. Further provided herein are methods and compositions for enriching for editing and trackable engineered sequences and cells using nucleic acid-guided nucleases.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

This invention relates to compositions of matter, methods and instruments for directly recruiting repair templates to CRISPR nucleases to stimulate homology-directed repair. Molecular "tethers" are described which result in an increase in the local concentration of repair templates at the site of the double-strand break made by a nuclease, thereby enhancing the rate of homology directed repair and suppressing undesired edits.

Classes IPC  ?

• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods, modules and automated multi-module instrumentation for performing editing of live cells followed by curing of editing and engine vectors from prior rounds of editing, followed by curing of the curing vector.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli

Abrégé

The present disclosure relates to automated multi-module instruments, compositions and methods for performing nucleic acid-guided nuclease editing; specifically, the disclosure provides nucleic acid cassettes, plasmids, vectors, and compositions comprising the same that employ homologous recombination for genome engineering by having a CRISPR nuclease cause a specific DSB while tethered to a repair nucleic acid.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells, and for tracking of editing events.

Classes IPC  ?

• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Produits et services

Genetically-modified or biologically-modified microbes for use in the production of chemicals, small molecules, pharmaceuticals, nutraceuticals, proteins, and food additives.

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions for nuclease-mediated plasmid integration into the genome of a population of live cells, as well as automated multi-module instruments for performing these methods and using these compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/72 - Systèmes d'expression utilisant des séquences régulatrices dérivées de l'opéron lac
• C12N 1/20 - BactériesLeurs milieux de culture

Abrégé

The disclosure provides examples of multi-parallel processes that are used to measure strain fitness of genotypically different strains of a microorganism in one or more bioreactors and the selection of strains that have improved genotypes.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/04 - Détermination de la présence ou du type de micro-organismeEmploi de milieux sélectifs pour tester des antibiotiques ou des bactéricidesCompositions à cet effet contenant un indicateur chimique
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures

Abrégé

The present disclosure relates to methods, compositions, and automated multi-module cell processing instruments for modulation of gene utilizing nuclease-mediated systems, and in particular, inactive (“dead”) nuclease-mediated CRISPR interference (CRISPRi) and CRISPR activation (CRISPRa) systems.

Classes IPC  ?

• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure relates to cell populations and systems for detection of compounds in an environment. Specifically the disclosure relates to methods for generating reproducible genome-wide edited populations of microbes that display novel, defined, and reproducible phenotypes when exposed to one or more chemicals. In some applications, such phenotypes are read out by barcode amplicon and compared against population fingerprints. In other applications digital information is stored in such populations of microorganisms. The digital information can be retrieved from the microorganisms with Boolean logic.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/689 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour la détection ou l’identification d’organismes pour les bactéries
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide

Abrégé

Saccharomyces cerevisiaee.g.,e.g., supplements and nutraceuticals.

Classes IPC  ?

• G16B 35/00 - TIC spécialement adaptées aux bibliothèques combinatoires in silico d’acides nucléiques, de protéines ou de peptides
• C12N 9/24 - Hydrolases (3.) agissant sur les composés glycosyliques (3.2)
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

This invention relates to modules and automated, integrated, end-to-end closed instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12M 1/04 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens d'introduction de gaz
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for editing nucleic acids in live yeast cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

The present disclosure relates to automated multi-module instruments, compositions and methods for performing nucleic acid-guided nuclease editing; specifically, methods, instruments, systems, and nucleic acids synthetic cassettes that improve the efficiency of gene editing using CRISPR enzymes in diploid cells - either on both chromosomes or selectively in one chromosome without incurring loss of heterozygosity (LOH) and its often deleterious effects.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/87 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation
• C12N 15/79 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes

Abrégé

The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.

Classes IPC  ?

• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
• C07K 14/74 - Complexe majeur d'histocompatibilité [MHC]
• C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

Provided are methods and compositions for detecting genome editing events at the single cell level. The methods and compositions described herein utilize sequence-based methods with combinatorial barcoding to track the identity of single cells over single or multiple genome editing events.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage

Abrégé

The present disclosure provides compositions and methods to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing, as well as automated multi-module instruments for performing these methods.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

Nucleic acid-guided nuclease editing in mammalian cells may include passaging mammalian cells, in an automated closed cell editing instrument, into smaller aggregates when the aggregates exceed 50-300 microns in size. A library of viral particles may be delivered to the mammalian cells at a multiplicity of infection such that each mammalian cell receives one or no viral particle. The library may include viral vectors with an editing cassette including a pair of gRNA coding sequence and donor DNA. Conditions may be provided to allow a viral vector of the viral vectors to integrate into the mammalian cells. Enriching for mammalian cells may be done with an integrated viral vector. A nucleic acid-guided nuclease or nuclease fusion or a coding sequence for a nucleic acid-guided nuclease or nuclease fusion may be delivered to the enriched mammalian cells and conditions may be provided to allow editing in the mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 5/00 - Cellules non différenciées humaines, animales ou végétales, p. ex. lignées cellulairesTissusLeur culture ou conservationMilieux de culture à cet effet
• C12N 15/79 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes
• C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12N 5/074 - Cellules souches adultes
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
• C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
• C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion enzyme editing of nucleic acids in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/62 - Séquences d'ADN codant pour des protéines de fusion
• C12N 5/071 - Cellules ou tissus de vertébrés, p. ex. cellules humaines ou tissus humains
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux

Abrégé

The present disclosure provides multiplexed engineered cells, automated multi-module instruments and methods of producing biofuel producing cells for enhanced production of biofuels. This platform empowers users to design genetic variant libraries of insertions, swaps, and/or deletions, that can be intentionally or randomly positioned across the entire genome to generate engineered cell populations with improved properties for several common biofuel applications including, but not limited to, improved tolerance to biomass inhibitors, increased thermo-tolerance, increased ethanol production and/or tolerance, expanded carbon utilization abilities, and increased utilization of heterologous proteins or pathways.

Classes IPC  ?

• C12P 7/10 - Éthanol en tant que produit chimique et non en tant que boisson alcoolique préparé comme sous-produit, ou préparé à partir d'un substrat constitué par des déchets ou par des matières cellulosiques d'un substrat constitué par des matières cellulosiques
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 1/20 - BactériesLeurs milieux de culture
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/52 - Gènes codant pour des enzymes ou des proenzymes
• C10L 1/02 - Combustibles carbonés liquides à base essentielle de composants formés uniquement de carbone, d'hydrogène et d'oxygène

Abrégé

The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.

Classes IPC  ?

• C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur

Abrégé

The present disclosure is drawn to creating cassette designs for nucleic acid-guided nuclease editing. In designing editing cassettes, a set of edit specifications must first be obtained. These edit specifications are taken together with a set of configuration parameters to start a computational pipeline that generates a collection of cassette designs. The process of designing editing cassettes involves the following exemplary steps: 1) creation of a set of candidate cassette designs for each unique edit specification, 2) enumeration of features describing biophysical characteristics of each candidate design, 3) providing each candidate design with a score, and 4) returning a number of scored and rank-ordered candidate cassette designs for each edit specification.

Classes IPC  ?

• G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• G06N 3/08 - Méthodes d'apprentissage

Abrégé

The present disclosure provides instrumentation and automated methods for creating cell surface display libraries, where the cells of the library display engineered peptides on their cell surfaces for identification of antigens that bind to T-cell receptors. The engineered peptides may be putative antigens or binding regions of the T-cell receptors.

Classes IPC  ?

• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
• C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C07K 14/74 - Complexe majeur d'histocompatibilité [MHC]
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells; specifically, the present disclosure provides Type V MAD nucleases (e.g., RNA-guided nucleases or RGNs) with altered PAM preferences and/or altered activity at different temperatures or fidelity, and/or varied nuclease activities; all changes that may increase the versatility of a nucleic acid-guided nuclease for certain editing tasks.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
• C12N 15/09 - Technologie d'ADN recombinant
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/52 - Gènes codant pour des enzymes ou des proenzymes

Abrégé

The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nuclease systems and engineered nickases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nuclease systems and engineered nickases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/09 - Technologie d'ADN recombinant
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/52 - Gènes codant pour des enzymes ou des proenzymes

Abrégé

The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 9/78 - Hydrolases (3.) agissant sur les liaisons carbone-azote autres que les liaisons peptidiques (3.5)
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales

Abrégé

The present disclosure provides automated multi-module instrumentation and automated methods for performing recursive editing of live cells with curing of editing vectors from prior rounds of editing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for editing nucleic acids in live yeast cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens

Abrégé

In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.

Classes IPC  ?

• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12Q 1/6865 - Amplification à base de promoteurs, p. ex. amplification de séquence d’acide nucléique [NASBA], système de réplication de séquence auto-entretenue [3SR] ou d’amplification à base de transcription [TAS]
• C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
• C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides instrumentation and automated methods for creating cell surface display libraries, where the cells of the library display engineered peptides on their cell surfaces for identification of antigens that bind to T-cell receptors. The engineered peptides may be putative antigens or binding regions of the T-cell receptors.

Classes IPC  ?

• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
• C07K 14/74 - Complexe majeur d'histocompatibilité [MHC]
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for nucleic acid-guided nickase/reverse transcriptase fusion editing in live cells. Editing efficiency is improved using fusion proteins (e.g., the nickase-RT fusion) that retain certain characteristics of nucleic acid-directed nucleases (e.g., the binding specificity and ability to cleave one or more DNA strands in a targeted manner) combined with reverse transcriptase activity. Editing cassettes are employed, comprising a gRNA and a repair template where the 3' end of the repair template is protected from degradation.

Classes IPC  ?

• C12N 9/12 - Transférases (2.) transférant des groupes contenant du phosphore, p. ex. kinases (2.7)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens

Abrégé

The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.

Classes IPC  ?

• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/62 - Séquences d'ADN codant pour des protéines de fusion

Abrégé

The present disclosure relates to methods for increasing observed editing rates in the surviving bacteria cells. The compositions and methods presented herein in combination lead to a phenomenon of “edit or die.” Although less cells survive plating and editing, a large percentage of cells that do survive are multiple editors. In one experiment it was found that if a cell survives transformation, plating, and editing, 75% of the surviving cells are multiple editors; that is, 75% of the surviving cells were simultaneously edited with edits at two or more different locations within the bacterial genome.

Classes IPC  ?

• C12N 15/74 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes procaryotes autres que E. coli, p. ex. Lactobacillus, Micromonospora
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 1/20 - BactériesLeurs milieux de culture
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure relates to automated multi-module instruments, compositions and methods for performing nucleic acid-guided nuclease editing; specifically the disclosure provides nucleic acid cassettes, plasmids, vectors, and compositions comprising the same that employ homologous recombination for genome engineering by having a CRISPR nuclease cause a specific DSB while tethered to a repair nucleic acid.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells; specifically, the present disclosure provides Type V MAD nucleases (e.g., RNA-guided nucleases or RGNs) with altered PAM preferences and/or altered activity at different temperatures or fidelity, and/or varied nuclease activities; all changes that may increase the versatility of a nucleic acid-guided nuclease for certain editing tasks.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens

Abrégé

The present disclosure provides compositions and methods to increase the percentage of edited cells in a cell population when employing nucleic-acid guided editing, as well as automated multi-module instruments for performing these methods. Specifically, the disclosure relates to methods, compositions, modules and automated multi-module cell processing instruments that increase the efficiency of nucleic acid-guided editing in a cell population using a nucleic acid nuclease (i.e., an RNA-guided nuclease or “RGN”)/single-strand binding protein (“SSB”) fusion system. The system leverages a single-strand binding protein (SSP) and single-strand DNA annealing protein (“SSAP”) interactions to drive enhanced recruitment.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth and mammalian cell transduction followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells. The present compositions and methods entail viral delivery of an editing cassette to live mammalian cells such that the editing cassettes edit the cells and the edited cells continue to grow, preferably using a fully-automated end-to-end instrument to process the cells without human intervention to enhance cell processing uniformity and to maintain the integrity of the cell culture.

Classes IPC  ?

• C12N 5/00 - Cellules non différenciées humaines, animales ou végétales, p. ex. lignées cellulairesTissusLeur culture ou conservationMilieux de culture à cet effet
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/86 - Vecteurs viraux
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 3/04 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus comportant des moyens fournissant des couches minces
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12N 5/074 - Cellules souches adultes
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/88 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation utilisant la micro-encapsulation, p. ex. utilisant des vésicules liposomiques
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
• C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
• C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nuclease systems and engineered nickases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/16 - Hydrolases (3.) agissant sur les liaisons esters (3.1)
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides instruments, modules and methods for improved detection of edited cells following nucleic acid-guided nuclease genome editing. The disclosure provides improved automated instruments that perform methods—including high throughput methods—for screening cells that have been subjected to editing and identifying cells that have been properly edited.

Classes IPC  ?

• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12N 15/87 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation
• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/68 - Stabilisation du vecteur
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• B01D 63/08 - Modules à membranes planes
• B01D 69/06 - Membranes planes
• B01D 71/02 - Matériaux inorganiques
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.

Classes IPC  ?

• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
• C07K 14/74 - Complexe majeur d'histocompatibilité [MHC]
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés

Abrégé

Disclosed systems and methods relate to predicting the relative representation of genomic variants in an edited cell population, based on the editing cassette design representation in an editing cassette design library used to generate the edited cell population. A library of editing cassette designs is generated, and a feature vector, or sequence embedding, is developed for each design using natural language processing techniques. The feature vector may be based upon sequence attributes and editing kinetics of each cassette design as well as attributes that describe the library context. Features may include sequence embeddings generated from a neural network, linguistic-type distances, and statistical distance summaries thereof. The feature vectors are classified using one or more machine learning models, and the classified feature vectors are used to predict the representation of each design an edited cell population.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C40B 30/00 - Procédés de criblage des bibliothèques
• C40B 40/06 - Bibliothèques comprenant des nucléotides ou des polynucléotides ou leurs dérivés
• C40B 40/08 - Bibliothèques comprenant de l'ARN ou de l'ADN codant des protéines, p. ex. bibliothèques de gènes

Abrégé

Disclosed systems and methods relate to predicting the relative representation of genomic variants in an edited cell population, based on the editing cassette design representation in an editing cassette design library used to generate the edited cell population. A library of editing cassette designs is generated, and a feature vector, or sequence embedding, is developed for each design using natural language processing techniques. The feature vector may be based upon sequence attributes and editing kinetics of each cassette design as well as attributes that describe the library context. Features may include sequence embeddings generated from a neural network, linguistic-type distances, and statistical distance summaries thereof. The feature vectors are classified using one or more machine learning models, and the classified feature vectors are used to predict the representation of each design an edited cell population.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• G16B 35/20 - Criblage de bibliothèques
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 35/10 - Conception de bibliothèques

Abrégé

The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of "landing pad" edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/64 - Méthodes générales pour la préparation du vecteur, pour son introduction dans la cellule ou pour la sélection de l'hôte contenant le vecteur

Abrégé

The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated integrated instrumentation for multiplex delivery of “landing pad” edits into the genomes of a population of live cells. The landing pads then may be leveraged to insert very large DNA sequences into the genomes of the population of live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure relates to methods for increasing observed editing rates in the surviving bacteria cells. The compositions and methods presented herein in combination lead to a phenomenon of “edit or die.” Although less cells survive plating and editing, a large percentage of cells that do survive are multiple editors. In one experiment it was found that if a cell survives transformation, plating, and editing, 75% of the surviving cells are multiple editors; that is, 75% of the surviving cells were simultaneously edited with edits at two or more different locations within the bacterial genome.

Classes IPC  ?

• C12N 15/74 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes procaryotes autres que E. coli, p. ex. Lactobacillus, Micromonospora
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 1/20 - BactériesLeurs milieux de culture
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

In an illustrative embodiment, automated multi-module cell editing instruments are provided to automate multiple edits into nucleic acid sequences inside one or more cells.

Classes IPC  ?

• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12N 15/00 - Techniques de mutation ou génie génétiqueADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p. ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purificationUtilisation d'hôtes pour ceux-ci
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
• C12M 1/12 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie avec des moyens de stérilisation, filtration ou dialyse
• C12M 1/36 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie comportant une commande sensible au temps ou aux conditions du milieu, p. ex. fermenteurs commandés automatiquement
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides a sphere-packing lattice electroporation device configured for use as a stand-alone unit or in an automated multi-module cell processing environment and configured to decrease cell processing time and cell survival. The sphere-packing lattice utilizes lattice-forming beads that are uniform in size and that self-assemble into a crystalline-like lattice.

Classes IPC  ?

• C12N 15/87 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des procédés non prévus ailleurs, p. ex. co-transformation
• C12N 13/00 - Traitement de micro-organismes ou d'enzymes par énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. par magnétisme, par des ondes sonores

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/62 - Séquences d'ADN codant pour des protéines de fusion

Abrégé

The present disclosure provides engineered nucleic acid-guided nickases and optimized scaffolds for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for editing nucleic acids in live yeast cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase

Abrégé

The present disclosure provides new RNA-guided nucleases for making rational, direct edits to nucleic acids in live cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens

Abrégé

Provided herein are single guide RNAs (sgRNAs) that comprise aptamer sequences and related compositions and methods. Also provided herein are methods of selecting inducible sgRNAs that comprise aptamer sequences.

Classes IPC  ?

• C12N 15/115 - Aptamères, c.-à-d. acides nucléiques liant spécifiquement une molécule cible avec une haute affinité sans s'y hybrider
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

in vitroin vitro pathways.

Classes IPC  ?

• C40B 40/08 - Bibliothèques comprenant de l'ARN ou de l'ADN codant des protéines, p. ex. bibliothèques de gènes
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 9/22 - Ribonucléases

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods, modules and automated multi-module instrumentation for performing editing of live cells followed by curing of editing and engine vectors from prior rounds of editing, followed by curing of the curing vector.

Classes IPC  ?

• C12N 15/63 - Introduction de matériel génétique étranger utilisant des vecteursVecteurs Utilisation d'hôtes pour ceux-ciRégulation de l'expression
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/09 - Technologie d'ADN recombinant

Abrégé

The present disclosure relates to methods for performing arrayed nucleic acid-guided nuclease nickase fusion editing allowing for rapid genotypic/phenotypic correlation without sequencing.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 1/18 - Compartiments ou champs multiples
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers

Abrégé

The present disclosure relates to compositions, methods, modules and automated, integrated instrumentation to enable nucleic acid-guided nuclease or nickase fusion editing in cells and correlating the edits to the resulting cellular nucleic acid profile. In some embodiments, methylated bases in a repair template are substituted for unmethylated bases in the cellular target genome and in some embodiments, unmethylated bases are substituted for methylated bases in the cellular target genome.

Classes IPC  ?

• C12N 9/78 - Hydrolases (3.) agissant sur les liaisons carbone-azote autres que les liaisons peptidiques (3.5)
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées

Abrégé

The present disclosure provides shuttle vectors for editing exogenous polynucleotides in heterologous live cells, as well as automated methods, modules, and multi-module cell editing instruments and systems for performing the editing methods.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C40B 50/06 - Procédés biochimiques, p. ex. utilisant des enzymes ou des micro-organismes viables entiers
• C40B 30/04 - Procédés de criblage des bibliothèques en mesurant l'aptitude spécifique à se lier à une molécule cible, p. ex. liaison anticorps-antigène, liaison récepteur-ligand
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p. ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
• C07K 14/74 - Complexe majeur d'histocompatibilité [MHC]
• C40B 70/00 - Étiquettes ["tags"] ou marqueurs ["labels"] spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux chimiothèques, p. ex. "tags" fluorescents ou codes-barres
• C12N 15/81 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour champignons pour levures
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C40B 20/04 - Identification des éléments d'une bibliothèque au moyen d'une étiquette, d'un marqueur ou d'un autre identificateur lisible ou détectable, p. ex. procédés de décodage
• C40B 40/02 - Bibliothèques contenues ou présentées dans des micro-organismes, p. ex. des bactéries ou des cellules animalesBibliothèques contenues ou présentées dans des vecteurs, p. ex. des plasmidesBibliothèques contenant uniquement des micro-organismes ou des vecteurs
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for editing nucleic acids in live yeast cells.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/85 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés aux hôtes eucaryotes pour cellules animales
• C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase

Abrégé

The present disclosure provides compositions of matter, methods and instruments for editing nucleic acids in live yeast cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

The present disclosure provides compositions, methods and modules to edit live cells and to subsequently correlate the resulting cellular nucleic acids of the edited cells to the edits.

Classes IPC  ?

• C40B 40/08 - Bibliothèques comprenant de l'ARN ou de l'ADN codant des protéines, p. ex. bibliothèques de gènes
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/113 - Acides nucléiques non codants modulant l'expression des gènes, p. ex. oligonucléotides anti-sens
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• C07K 19/00 - Peptides hybrides

Abrégé

The present disclosure provides automated modules and instruments for improved detection of nuclease genome editing of live cells. The disclosure provides improved modules—including high throughput modules—for screening cells that have been subjected to editing and identifying and selecting cells that have been properly edited.

Classes IPC  ?

• C12M 3/00 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes
• C12M 1/42 - Appareils pour le traitement de micro-organismes ou d'enzymes au moyen d'énergie électrique ou ondulatoire, p. ex. magnétisme, ondes sonores
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12M 1/26 - Inoculateur ou échantillonneur

Abrégé

E. coli leading to enhanced lysine production for, e.g., supplements and nutraceuticals.

Classes IPC  ?

• A61K 39/108 - EscherichiaKlebsiella
• C07K 14/245 - Escherichia (G)

Abrégé

The present disclosure relates to methods and compositions that allow one to identify in vivo edited cells when employing nucleic-acid guided editing. Additionally provided are automated multi-module instruments for performing editing and selection methods and using the compositions.

Classes IPC  ?

• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 15/70 - Vecteurs ou systèmes d'expression spécialement adaptés à E. coli
• C12N 15/62 - Séquences d'ADN codant pour des protéines de fusion

Abrégé

This invention relates to compositions of matter, methods, modules and instruments for automated mammalian cell growth, reagent bundle creation and mammalian cell transfection followed by nucleic acid-guided nuclease editing in live mammalian cells.

Classes IPC  ?

• C12N 15/90 - Introduction stable d'ADN étranger dans le chromosome
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12M 3/06 - Appareillage pour la culture de tissus, de cellules humaines, animales ou végétales, ou de virus avec des moyens de filtration, d'ultrafiltration, d'osmose inverse ou de dialyse
• C12M 1/00 - Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
• C12M 1/32 - Inoculateur ou échantillonneur du type à champs multiples ou en continu
• B01L 7/00 - Appareils de chauffage ou de refroidissementDispositifs d'isolation thermique
• C12N 15/11 - Fragments d'ADN ou d'ARNLeurs formes modifiées
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• B01L 3/00 - Récipients ou ustensiles pour laboratoires, p. ex. verrerie de laboratoireCompte-gouttes