Abrégé

Provided herein are systems and methods for generating an immune-oncology profile from a biological sample. The immune-oncology profile can include the proportion or percentage of immune cells, expression of immune escape genes, and/or mutational burden. The immune-oncology profile may allow the generation of classifiers for making prognostic or diagnostic predictions.

Classes IPC  ?

• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
• G06F 18/2111 - Sélection du sous-ensemble de caractéristiques le plus significatif en utilisant des techniques de calcul évolutives, p. ex. les algorithmes génétiques
• G06F 18/2134 - Extraction de caractéristiques, p. ex. en transformant l'espace des caractéristiquesSynthétisationsMappages, p. ex. procédés de sous-espace basée sur des critères de séparation, p. ex. analyse en composantes indépendantes
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs

Abrégé

Disclosed herein, are systems and methods for analyzing complex data signals using artificial intelligence and/or deconvolution algorithms to determine output pertaining to the state or status of one or more parameters. Data sets may include signals from various sources that can confound or distort the signals of interest. Accordingly, disclosed herein are deconvolution algorithms that enable the determination of the status of sources that correspond to the signals of interest.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G06F 18/213 - Extraction de caractéristiques, p. ex. en transformant l'espace des caractéristiquesSynthétisationsMappages, p. ex. procédés de sous-espace
• G06F 18/214 - Génération de motifs d'entraînementProcédés de Bootstrapping, p. ex. ”bagging” ou ”boosting”
• G06F 18/24 - Techniques de classification
• G06N 3/086 - Méthodes d'apprentissage en utilisant les algorithmes évolutionnaires, p. ex. les algorithmes génétiques ou la programmation génétique
• G06N 3/126 - Algorithmes évolutionnaires, p. ex. algorithmes génétiques ou programmation génétique
• G06N 5/047 - Réseaux de filtrage par motifsRéseaux de Rete
• G06N 20/00 - Apprentissage automatique
• G06V 10/764 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant la classification, p. ex. des objets vidéo
• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p. ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Disclosed herein are platforms, systems, methods, and media for analyzing gene expression data to predict treatment outcome for cancer patients. Machine learning models can be used to evaluate enrichment scores derived from gene set enrichment analysis to provide accurate predictions.

Classes IPC  ?

• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 35/00 - TIC spécialement adaptées aux bibliothèques combinatoires in silico d’acides nucléiques, de protéines ou de peptides
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p. ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06N 20/00 - Apprentissage automatique

Abrégé

Disclosed herein, are systems and methods for analyzing complex data signals using artificial intelligence and/or deconvolution algorithms to determine output pertaining to the state or status of one or more parameters. Data sets may include signals from various sources that can confound or distort the signals of interest. Accordingly, disclosed herein are deconvolution algorithms that enable the determination of the status of sources that correspond to the signals of interest.

Classes IPC  ?

• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/70 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des virus ou des bactériophages

Abrégé

Disclosed herein, are systems and methods for analyzing complex data signals using artificial intelligence and/or deconvolution algorithms to determine output pertaining to the state or status of one or more parameters. Data sets may include signals from various sources that can confound or distort the signals of interest. Accordingly, disclosed herein are deconvolution algorithms that enable the determination of the status of sources that correspond to the signals of interest.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G06N 3/126 - Algorithmes évolutionnaires, p. ex. algorithmes génétiques ou programmation génétique
• G06N 20/00 - Apprentissage automatique
• G06N 3/086 - Méthodes d'apprentissage en utilisant les algorithmes évolutionnaires, p. ex. les algorithmes génétiques ou la programmation génétique
• G06N 5/047 - Réseaux de filtrage par motifsRéseaux de Rete
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G06F 18/24 - Techniques de classification
• G06F 18/213 - Extraction de caractéristiques, p. ex. en transformant l'espace des caractéristiquesSynthétisationsMappages, p. ex. procédés de sous-espace
• G06F 18/214 - Génération de motifs d'entraînementProcédés de Bootstrapping, p. ex. ”bagging” ou ”boosting”
• G06V 10/764 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant la classification, p. ex. des objets vidéo
• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p. ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires

Abrégé

Provided herein are systems and methods for generating an immune-oncology profile from a biological sample. The immune-oncology profile can include the proportion or percentage of immune cells, expression of immune escape genes, and/or mutational burden. The immune-oncology profile may allow the generation of classifiers for making prognostic or diagnostic predictions.

Classes IPC  ?

• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide

Produits et services

Reagents for research purposes; assays and reagents for use in genetic research, gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling. Pharmaceutical products; kits comprised of reagents and assays for testing and analyzing genes, nucleic acids, and biological molecules. Scientific research and development; scientific research and development in the field of gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling assay, and immune profiling; DNA analysis services for scientific research purposes; product development services, namely, developing reagents and reagent kits for use in preparing, detecting, analyzing, and sequencing nucleic acids and other biological molecules in the field of genetic research.

Produits et services

Reagents for research purposes; assays and reagents for use in genetic research, gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling. Kits comprised of reagents and assays for testing and analyzing genes, nucleic acids, and biological molecules. Scientific research and development; scientific research and development in the field of gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling assay, and immune profiling; DNA analysis services for scientific research purposes; product development services, namely, developing reagents and reagent kits for use in preparing, detecting, analyzing, and sequencing nucleic acids and other biological molecules in the field of genetic research.

Produits et services

Reagents for research purposes; assays and reagents for use in genetic research, gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling. Pharmaceutical products; kits comprised of reagents and assays for testing and analyzing genes, nucleic acids, and biological molecules. Scientific research and development; scientific research and development in the field of gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling assay, and immune profiling; DNA analysis services for scientific research purposes; product development services, namely, developing reagents and reagent kits for use in preparing, detecting, analyzing, and sequencing nucleic acids and other biological molecules in the field of genetic research; scientific and technological services, namely, collaborative scientific research and development services for researchers in the fields of agricultural genetics, epigenetics, gene expression analysis, single nucleotide polymorphism detection and insertion-deletion detection, namely, preparation, detection, analysis and sequence characterization of nucleic acids, among other biochemical entities; development of proprietary bioinformatic analysis software pipelines and computer systems for collecting, storing, characterizing, sorting, viewing, and delivering genetic information to clients in an increasingly navigable format; designing genomic experiments in context of client driven strategic goals; DNA/RNA sequencing using Next Generation Sequencing, and the forthcoming subsequent technologies of biological material for scientific research purposes; providing scientific research data in the field of genomics, including custom, proprietary bioinformatic analysis of data generated by NGS technology or unanalyzed biological data.

Produits et services

Assays and reagents for use in genetic research, gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling other than for medical or veterinary use Medical diagnostic kits comprised of reagents and assays for testing and analyzing genes, nucleic acids, and biological molecules Scientific research and development; scientific research and development in the field of gene expression analysis, biomarker analysis, and RNA-based immune profiling assay, and immune profiling; DNA analysis services for scientific research purposes; product development services, namely, developing reagents and reagent kits for use in preparing, detecting, analyzing, and sequencing nucleic acids and other biological molecules in the field of genetic research

Abrégé

Provided herein are systems and methods for generating an immune-oncology profile from a biological sample. The immune-oncology profile can include the proportion or percentage of immune cells, expression of immune escape genes, and/or mutational burden. The immune-oncology profile may allow the generation of classifiers for making prognostic or diagnostic predictions.

Classes IPC  ?

• G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques

Abrégé

Provided herein are systems and methods for generating an immune-oncology profile from a biological sample. The immune-oncology profile can include the proportion or percentage of immune cells, expression of immune escape genes, and/or mutational burden. The immune-oncology profile may allow the generation of classifiers for making prognostic or diagnostic predictions.

Classes IPC  ?

• G06F 19/22 - pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de polymorphismes de nucléotides simples [SNP] ou alignement de séquences
• G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
• G06F 19/26 - pour la visualisation de données, p.ex. production de graphiques, affichage de cartes ou de réseaux ou autres représentations visuelles
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Provided herein are methods of amplifying nucleic acids. In particular, methods are provided for amplifying circular RNA molecules. In certain embodiments, circular DNA molecules for amplification are generated from circular RNA molecules.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
• A41C 3/00 - Soutiens-gorge
• A41C 3/02 - Soutiens-gorge se fermant sur le devant

Abrégé

Provided herein are methods of amplifying nucleic acids. In particular, methods are provided for amplifying circular RNA molecules. In certain embodiments, circular DNA molecules for amplification are generated from circular RNA molecules.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides

Abrégé

Provided herein are methods of amplifying nucleic acids. In particular, methods are provided for amplifying circular RNA molecules. In certain embodiments, circular DNA molecules for amplification are generated from circular RNA molecules. Provided herein are methods for amplifying a nucleic acid. In certain embodiments, a method comprises priming a circular RNA template molecule with one or more DNA primers and extending the primers with a reverse transcriptase to generate a cDNA strand that is a copy of the circular RNA molecule. In certain embodiments, the cDNA strand generated is linear.

Classes IPC  ?

• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides

Produits et services

Scientific and technological services, namely, collaborative scientific research and development services for researchers in the fields of agricultural genetics, epigenetics, gene expression analysis, single nucleotide polymorphism detection and insertion-deletion detection, namely, preparation, detection, analysis and sequence characterization of nucleic acids, among other biochemical entities; development of proprietary bioinformatic analysis software pipelines and computer systems for collecting, storing, characterizing, sorting, viewing, and delivering genetic information to clients in an increasingly navigable format; designing genomic experiments in context of client driven strategic goals; DNA/RNA sequencing using Next Generation Sequencing, and the forthcoming subsequent technologies of biological material for scientific research purposes; providing scientific research data in the field of genomics, including custom, proprietary bioinformatic analysis of data generated by NGS technology or unanalyzed biological data