Disclosed herein is a substrate which includes a functional group protected with a photolabile group covalently attached to the substrate and a film of solvent thereof covering the substrate, where the thickness of the film is less than about 100 μm. Also disclosed herein are methods of preparing such substrates. Further disclosed are methods of synthesizing polymers, methods of synthesizing arrays of polymers and methods of removing photolabile protecting groups. These methods all employ covering the substrate with a thin film of solvent where the thickness of the film is less than 100 μm.
B01J 19/00 - Procédés chimiques, physiques ou physico-chimiques en généralAppareils appropriés
B01J 19/12 - Procédés utilisant l'application directe de l'énergie ondulatoire ou électrique, ou un rayonnement particulaireAppareils à cet usage utilisant des radiations électromagnétiques
C07H 1/00 - Procédés de préparation des dérivés du sucre
2.
SYSTEM AND METHODS FOR CHEMICAL SYNTHESIS ON WAFERS
The present disclosure provides methods, device, and system for wafer processing. The wafer processing apparatus uses a nozzle in a lid to disperse a solution to the surface of a wafer. Further, the wafer is positioned on top of a vacuum chuck and does not spin while the solution is dispensed over the surface of the wafer via surface tension, thereby permitting the first solution to react with a reagent on the surface. Further, when dispensing the first solution, a separation gap between the lid and the wafer is at a predetermined distance, for example, from about 20 μm to about 2 mm.
Disclosed herein is a substrate which includes a functional group protected with a photolabile group covalently attached to the substrate and a film of solvent thereof covering the substrate, where the thickness of the film is less than about 100 μm. Also disclosed herein are methods of preparing such substrates. Further disclosed are methods of synthesizing polymers, methods of synthesizing arrays of polymers and methods of removing photolabile protecting groups. These methods all employ covering the substrate with a thin film of solvent where the thickness of the film is less than 100 μm.
B01J 19/00 - Procédés chimiques, physiques ou physico-chimiques en généralAppareils appropriés
C07H 1/00 - Procédés de préparation des dérivés du sucre
B01J 19/12 - Procédés utilisant l'application directe de l'énergie ondulatoire ou électrique, ou un rayonnement particulaireAppareils à cet usage utilisant des radiations électromagnétiques
4.
METHODS AND DEVICES FOR DETECTING AND SEQUENCING SARS-COV-2
The present disclosure provides methods, reagents, microarray, and software products for detecting and sequencing at least part of the SARS-CoV-2 viral RNA. The microarray and methods of the present disclosure can be used to perform simultaneous detection of SARS-CoV-2 virus and other pathogens including respiratory pathogens.
C12Q 1/70 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des virus ou des bactériophages
C12M 1/34 - Mesure ou test par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p. ex. par des compteurs de colonies
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
The present disclosure provides methods, device, and system for wafer processing. The wafer processing apparatus uses a nozzle in a lid to disperse a solution to the surface of a wafer. Further, the wafer is positioned on top of a vacuum chuck and does not spin while the solution is dispensed over the surface of the wafer via surface tension, thereby permitting the first solution to react with a reagent on the surface. Further, when dispensing the first solution, a separation gap between the lid and the wafer is at a predetermined distance, for example, from about 20 μm to about 2 mm.
B01J 8/02 - Procédés chimiques ou physiques en général, conduits en présence de fluides et de particules solidesAppareillage pour de tels procédés avec des particules immobiles, p. ex. dans des lits fixes
H01L 21/67 - Appareils spécialement adaptés pour la manipulation des dispositifs à semi-conducteurs ou des dispositifs électriques à l'état solide pendant leur fabrication ou leur traitementAppareils spécialement adaptés pour la manipulation des plaquettes pendant la fabrication ou le traitement des dispositifs à semi-conducteurs ou des dispositifs électriques à l'état solide ou de leurs composants
The present disclosure provides methods, device, and system for biochips manufacturing including a wafer processing apparatus such as a spin cell platform, a synthesizer, a wafer handling robot, an ultraviolet aligner, and a wafer centering device. The wafer processing apparatus uses a nozzle in a lid to disperse a solution to the surface of a wafer. Further, the wafer is positioned on top of a vacuum chuck and does not spin while the solution is dispensed over the surface of the wafer via surface tension, thereby permitting the first solution to react with a reagent on the surface. Further, when dispensing the first solution, a separation gap between the lid and the wafer is at a predetermined distance, for example, from about 20 micrometer to about 200 micrometer.
The present disclosure provides methods of sequencing polynucleotides and compounds, compositions for sequencing of polynucleotides, and synthesis of such compositions. The chemical compounds include nucleotides and their analogs which possess a sugar moiety comprising a cleavable chemical group capping the 3'-OH group and a base, but without covalently bounded dye. The cleavable chemical group is reactive to form covalent bond(s) with a dye used to confirm the presence of the expected base-pairing. The cleavable chemical group capping the 3'OH group can be removed together with the covalently bounded dye. Furthermore, after the cleavable chemical group is cleaved, the free 3'-OH group can be active in continued elongation. Example chemical compounds according to the present disclosure are shown as Formulas (II) and (V).
The present disclosure provides methods of sequencing polynucleotides and compounds, compositions useful for sequencing of polynucleotides. The chemical compounds include nucleotides and their analogs which possess a sugar moiety comprising a cleavable chemical group capping the 3'-OH group and a base that is attached to a detectable label through a cleavable linker comprising a disulfide bond. In addition, the disulfide bond(s) can be cleavable by a reducing reagent. In addition, after the disulfide bond(s) is/are cleaved by the reducing reagent, there is no free thiol group linked to the nucleotides. Examples of chemical compounds according to the present disclosure are shown as Formulae (IV) and (V).
C07H 19/00 - Composés contenant un hétérocycle partageant un hétéro-atome du cycle avec un radical saccharideNucléosidesMononucléotidesLeurs anhydro-dérivés
C07H 19/073 - Radicaux pyrimidine avec un désoxy-2 ribosyle comme radical saccharide
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
C12Q 1/6876 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes
9.
METHODS AND SYSTEMS FOR MONITORING SOLID-PHASE STEPWISE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS
The present disclosure relates to method of monitoring a solid-phase reaction on a surface of a substrate by taking measurements at a plurality of positions on the surface. Properties of the surface are determined based on the measurements taken. Based on the properties determined, the extent of the solid-phase reaction is determined. This method can be achieved by using an ellipsometer and measuring the changes in thickness of the surface before and after the solid-phase reaction.
B01J 19/00 - Procédés chimiques, physiques ou physico-chimiques en généralAppareils appropriés
B01J 19/08 - Procédés utilisant l'application directe de l'énergie ondulatoire ou électrique, ou un rayonnement particulaireAppareils à cet usage
C07H 21/00 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques
10.
INCREASING EFFICIENCY OF PHOTOCHEMICAL REACTIONS ON SUBSTRATES
Disclosed herein is a substrate which includes a functional group protected with a photolabile group covalently attached to the substrate and a film of solvent thereof covering the substrate, where the thickness of the film is less than about 100 µm. Also disclosed herein are methods of preparing such substrates. Further disclosed are methods of synthesizing polymers, methods of synthesizing arrays of polymers and methods of removing photolabile protecting groups. These methods all employ covering the substrate with a thin film of solvent where the thickness of the film is less than 100 µm.
C12Q 1/00 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions
C12Q 1/28 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une oxydoréductase une peroxydase
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
The present disclosure relates to processes for suspending stretched nucleic acids over surface features. These processes can be used to prepare stretched nucleic acids that are more active in enzymatic reactions and other reactions than those laid down on a flat surface. These processes can be achieved by using a photoresist layer on top of a substrate, stretch a nucleic acid on top of the surface, and then remove part of the photoresist to form surface features that suspend the stretched nucleic acid. Furthermore, the formation of a hydrogel layer over the stretched nucleic acid and the surface features can transfer the stretched nucleic acid to the hydrogel for further reactions, including enzymatic reactions.
C40B 50/18 - Synthèse en phase solide, c.-à-d. dans laquelle au moins un bloc servant à créer la bibliothèque est lié à un support solide au cours de la création de la bibliothèqueProcédés particuliers de clivage à partir du support solide utilisant un procédé particulier d'ancrage au support solide
B05D 3/00 - Traitement préalable des surfaces sur lesquelles des liquides ou d'autres matériaux fluides doivent être appliquésTraitement ultérieur des revêtements appliqués, p. ex. traitement intermédiaire d'un revêtement déjà appliqué, pour préparer les applications ultérieures de liquides ou d'autres matériaux fluides
B05D 3/06 - Traitement préalable des surfaces sur lesquelles des liquides ou d'autres matériaux fluides doivent être appliquésTraitement ultérieur des revêtements appliqués, p. ex. traitement intermédiaire d'un revêtement déjà appliqué, pour préparer les applications ultérieures de liquides ou d'autres matériaux fluides par exposition à des rayonnements
C07H 21/00 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques
12.
METHOD AND SYSTEM FOR FABRICATING DNA SEQUENCING ARRAYS
in situin situin situ synthesized array. These processes can preserve the original patterns of the synthesized oligonucleotide after the inversion. These process can be achieved via the formation of a hydrogel layer in-between a donor substrate and an acceptor substrate through a polymerization reaction forming the hydrogel layer.
C40B 50/18 - Synthèse en phase solide, c.-à-d. dans laquelle au moins un bloc servant à créer la bibliothèque est lié à un support solide au cours de la création de la bibliothèqueProcédés particuliers de clivage à partir du support solide utilisant un procédé particulier d'ancrage au support solide
C12Q 1/6834 - Couplage enzymatique ou biochimique d’acides nucléiques à une phase solide
C12Q 1/6837 - Couplage enzymatique ou biochimique d’acides nucléiques à une phase solide utilisant des réseaux de sondes ou des puces à sondes
C12Q 1/6874 - Méthodes de séquençage faisant intervenir des réseaux d’acides nucléiques, p. ex. séquençage par hybridation [SBH]
13.
METHODS FOR FABRICATING HIGH RESOLUTION DNA ARRAY AND ITS APPLICATION IN SEQUENCING
The present disclosure provides methods and processes for forming a pattern of oligonucleotides on a microarray. A method for forming a pattern of oligonucleotides on a microarray may include forming a photoresist layer by applying a photoresist composition onto an underlying layer of a substrate, exposing a dose of light through a patterned mask onto the substrate, and removing protective groups on a section of the plurality of functional groups within at least one exposed region of the substrate, wherein the photoresist composition comprises a photoacid generator, an acid scavenger and a photosensitizer, wherein the underlying layer comprises a plurality of functional groups protected by protective groups; thereby forming a pattern on the substrate, wherein the pattern comprises the at least one exposed region, and wherein the at least one exposed region is no more than 1 micrometer in at least one dimension.
C40B 50/14 - Synthèse en phase solide, c.-à-d. dans laquelle au moins un bloc servant à créer la bibliothèque est lié à un support solide au cours de la création de la bibliothèqueProcédés particuliers de clivage à partir du support solide
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C40B 40/06 - Bibliothèques comprenant des nucléotides ou des polynucléotides ou leurs dérivés
C40B 60/14 - Appareils spécialement adaptés à une utilisation en chimie combinatoire ou avec des bibliothèques pour créer des bibliothèques
14.
METHOD AND SYSTEM FOR ENZYMATIC SYNTHESIS OF OLIGONUCLEOTIDES
The present disclosure relates to methods, processes and systems for enzymatic synthesis of oligonucleotide from a single-stranded, immobilized primer in the presence of a polymerase. Using the disclosed methods single-stranded oligonucleotides can be synthesized enzymatically from a single-stranded, immobilized primer in the presence of deoxyribonucleotide triphosphates or ribonucleotide triphosphates. Dideoxyribonucleotide triphosphates, deoxyribonucleotide triphosphates with reversible terminators, or ribonucleotide triphosphates with reversible terminators can be added enzymatically to the end of the primer or its extension products. According to the disclosed method, a single- stranded primer can bind to a template such that the thus-formed double-stranded structure can allow the polymerase to extend the primer at 3' end.
C07H 21/00 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques
C07H 21/02 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le ribosyle comme radical saccharide
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
The present disclosure provides methods, device, and system for wafer processing. The wafer processing apparatus uses a nozzle in a lid to disperse a solution to the surface of a wafer. Further, the wafer is positioned on top of a vacuum chuck and does not spin while the solution is dispensed over the surface of the wafer via surface tension, thereby permitting the first solution to react with a reagent on the surface. Further, when dispensing the first solution, a separation gap between the lid and the wafer is at a predetermined distance, for example, from about 20 μm to about 2 mm.
B01J 10/02 - Procédés chimiques généraux faisant réagir un liquide avec des milieux gazeux autrement qu'en présence de particules solidesAppareillage spécialement adapté à cet effet du type à couche mince
B01J 12/02 - Procédés chimiques généraux faisant réagir des milieux gazeux avec des milieux gazeuxAppareillage spécialement adapté à cet effet pour l'obtention d'au moins un produit de réaction solide à la température ambiante
B01J 19/14 - Production de mélanges de gaz inertesUtilisation des gaz inertes en général
B01J 19/24 - Réacteurs fixes sans élément interne mobile
B01J 19/26 - Réacteurs du type à injecteur, c.-à-d. dans lesquels la distribution des réactifs de départ dans le réacteur est effectuée par introduction ou injection au moyen d'injecteurs
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
16.
METHODS FOR PERFORMING SPATIAL PROFILING OF BIOLOGICAL MOLECULES
The present disclosure provides methods, devices and systems that enable determination of spatial information of biological molecules by reacting the biological molecules with a zipcode array. In some examples, the zipcode array may code for the spatial positions of biological molecules attached to distinct positions on the zipcode array. In some examples, the spatial positions are 2-dimensional. In some cases, the spatial positions are 3-dimensional. In some examples, the present disclosure provides methods to detect spatial gene expression. In some examples, the present disclosure provides methods to detect spatial distribution of proteins.
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
C12Q 1/6811 - Méthodes de sélection pour la production ou l’élaboration d’oligonucléotides spécifiques cibles ou de molécules de liaison
The present disclosure relates to processes for derivatizing a surface of a substrate with a covalently bonded thin film of poly(methylsil-sesquioxane)-bonded polymers as a platform for the synthesis of a biomolecule array. These processes can also be used to prepare a surface of a substrate for an in situ solid-phase synthesis of biomolecule array.
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C03C 17/30 - Traitement de surface du verre, p. ex. du verre dévitrifié, autre que sous forme de fibres ou de filaments, par revêtement par des matières organiques avec des composés contenant du silicium
18.
HYDROXYALKYLATED POLYACRYLAMIDE SURFACE COATINGS FOR IN SITU SYNTHESIS OF DNA ARRAYS
The present disclosure relates to processes for derivatizing a surface of a substrate with a covalently bonded thin film of hydroxalkylated poly(acrylamide) as a platform for the synthesis of a biomolecule array. These processes can also be used to prepare a surface of a substrate for an in situ solid-phase synthesis of biomolecule array.
C40B 50/18 - Synthèse en phase solide, c.-à-d. dans laquelle au moins un bloc servant à créer la bibliothèque est lié à un support solide au cours de la création de la bibliothèqueProcédés particuliers de clivage à partir du support solide utilisant un procédé particulier d'ancrage au support solide
19.
IN SITU PROBE INVERSION PROCESS FOR CONSTRUCTING PROBE ARRAYS
The present disclosure relates to processes for inverting oligonucleotide probes in an in situ synthesized array. These processes can be used to reverse the orientation of probes with respect to the substrate from 3, -bound to 5, -bound. These processes can also be used to reduce or eliminate the presence of truncated probe sequences from an in situ synthesized array.
B05D 3/10 - Traitement préalable des surfaces sur lesquelles des liquides ou d'autres matériaux fluides doivent être appliquésTraitement ultérieur des revêtements appliqués, p. ex. traitement intermédiaire d'un revêtement déjà appliqué, pour préparer les applications ultérieures de liquides ou d'autres matériaux fluides par d'autres moyens chimiques
C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
brevets
