Abrégé

The invention relates to a method for predicting whether a subject with cancer can successfully be treated with an immunotherapy. The method is based on measuring the TGFbeta and/or the MAPK pathway activity in a sample obtained from the subject, wherein a low TGFbeta and/or MAPK pathway activity indicates that immunotherapy is likely successful and a high TGFbeta and/or MAPK pathway activity indicates that immunotherapy is not likely to be successful. The invention further relates to an immunotherapy for use in the treatment of cancer, the use comprising determining the TGFbeta and/or MAPK pathway activity and administering the immunotherapy if the treatment is deemed likely to succeed. The invention further relates to kits of parts and their uses in the methods described herein.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• A61K 45/00 - Préparations médicinales contenant des ingrédients actifs non prévus dans les groupes

Abrégé

The invention describes a method to infer the Hippo cellular signaling pathway activity in a sample based on assessing the expression levels of six or more predefined target genes. The invention further describes the use of the method in prognostic and diagnostic applications and use of the method to determine or predict therapy resistance.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

The invention relates to a method for predicting whether a subject with cancer can successfully be treated with an immunotherapy. The method is based on measuring the TGFbeta and/or the MAPK pathway activity in a sample obtained from the subject, wherein a low TGFbeta and/or MAPK pathway activity indicates that immunotherapy is likely successful and a high TGFbeta and/or MAPK pathway activity indicates that immunotherapy is not likely to be successful. The invention further relates to an immunotherapy for use in the treatment of cancer, the use comprising determining the TGFbeta and/or MAPK pathway activity and administering the immunotherapy if the treatment is deemed likely to succeed. The invention further relates to kits of parts and their uses in the methods described herein.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

The invention relates to a method for characterizing a cell or tissue culture sample based on multiple cellular signaling pathway activities. The cellular signaling pathway activities are preferably determined based on expression levels of target genes of the respective pathways. The invention further describes products useful for the method having primers for the detection of pathway target genes, and uses of the product.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6881 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour le typage de tissu ou de cellule, p. ex. sondes d’antigène leucocytaire humain [HLA]
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

The invention relates to methods based on gene expression levels to predict treatment response to an anti-TNFalpha compound in inflammatory bowel disease patients based on a pre-treatment biopsy, and a method of determining the treatment effectiveness of such treatment based on a biopsy obtained after initiation of the treatment with an anti-TNFalpha compound. The prediction is based on the determination of cellular signaling pathway activity, in particular a pathway selected from TGFbeta, NFkB, MAPK-AP1, STAT3 and WNT, preferably wherein the cellular signaling pathway is selected from TGFbeta and NFkB. When determining the treatment effectiveness, the cellular signaling pathway is AR and/or MAPK-AP1 if the IBD is UC and wherein if the IBD is CD, the cellular signaling pathway is MAPK-AP1 and/or NFkB. The invention further relates to the use of anti-TNFalpha compounds in the treatment of Inflammatory bowel disease wherein the treatment is combined with the method for predicting treatment response and only administered when a favorable response is predicted. Lastly, the invention relates to kits and uses thereof in the methods described herein.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique

Abrégé

The present invention relates to assemblies of primers and probes for determining the cellular signalling pathway of the AR pathway and optionally the activities of the pathways ER, PI3K-FOXO, MAPK-AP1, Notch, HH, TGFbeta, JAK-STAT1/2 and NFkB. Kit or use of the set of 3 or more primers and probes to determine the expression levels of 3 or more genes of the AR cellular signalling pathway and optionally from a cellular signalling pathway selected from the ER, PI3K-FOXO, MAPK-AP1, Notch, HH, TGFbeta, WNT, PR, NFkB, JAK-STAT1/2 and JAK-STAT3 pathways wherein the expression levels of three or more of the reference genes selected from: ACTB, ALAS1, B2M, EEF1A1, POLR2A, PUM1, RPLPO, TBP, TPT1 and TUBA1B may also be determined.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6876 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes

Abrégé

The present invention relates to a method for determining the immunosuppressive state of a subject having a tumor by analyzing the Notch cellular signaling pathways activity. The method can be used in assessing whether immune checkpoint inhibitors are a suitable treatment option for the subject. The invention further relates kits and uses thereof.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect NFkB cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least six unique target genes of the NFkB cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of NFkB cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
• A61K 31/336 - Composés hétérocycliques ayant l'oxygène comme seul hétéro-atome d'un cycle, p. ex. fungichromine ayant des cycles à trois chaînons, p. ex. oxirane, fumagilline
• A61K 31/416 - 1,2-Diazoles condensés avec des systèmes carbocycliques, p. ex. indazole
• A61K 38/05 - Dipeptides
• A61K 31/4985 - Pyrazines ou pipérazines condensées en ortho ou en péri avec des systèmes hétérocycliques
• A61K 31/573 - Composés contenant des systèmes cycliques du cyclopenta[a]hydrophénanthrèneLeurs dérivés, p. ex. stéroïdes substitués en position 17 bêta par une chaîne à deux atomes de carbone, p. ex. prégnane ou progestérone substitués en position 21, p. ex. cortisone, dexaméthasone, prednisone ou aldostérone
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes

Abrégé

The invention relates to a method for determining whether a subject with an infection has a viral infection. The invention further relates to method for determining the cellular immune response to a viral infection or a vaccine. The methods may be performed on a blood sample obtained from a subject, and is based on the finding that specific cellular signaling pathways are active. The invention further relates to components for performing the methods and use of those components in a method of diagnosis.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs

Abrégé

The present invention relates to a computer-implemented method for inferring activity of a GR cellular signaling pathway in a subject based on expression levels of six or more target genes of the GR cellular signaling pathway measured in a sample of the subject. The present invention further relates to an apparatus, to a non-transitory storage medium, and to a computer program for inferring activity of a GR cellular signaling pathway in a subject. The present invention further relates to a kit for measuring expression levels of six or more target genes of the GR cellular signaling pathway in a sample of a subject, to a kit for inferring activity of a GR cellular signaling pathway in a subject, and to the use of such kits in performing the method.

Classes IPC  ?

• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes

Abrégé

Target genes of the NFkB cellular signaling pathway are disclosed, which are associated with a cellular function such as cell division, apoptosis or protection against oxidative stress of an active NFkB cellular signaling pathway and can be used for determining a cellular function of an active NFkB cellular signaling in a human subject.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique

Abrégé

The present application mainly relates to specific methods for inferring activity of one or more cellular signaling pathway(s) in tissue of a medical subject based at least on the expression level(s) of one or more target gene(s) of the cellular signaling pathway(s) measured in an extracted sample of the tissue of the medical subject, an apparatus comprising a digital compressor configured to perform such methods and a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such methods.

Classes IPC  ?

• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide

Abrégé

The present invention relates to means and methods that can be used—based on a blood sample of a subject having sepsis, a subject suspected to have sepsis or a subject at risk to develop sepsis, to diagnose the subject with sepsis. The methods can further be used for making a prediction, e.g. whether the subject is likely to develop sepsis, or whether the subject has a high mortality risk as a result of sepsis. The invention further provides for compounds for use in the treatment or prevention of sepsis.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique

Abrégé

The present invention relates to a computer-implemented method for inferring activity of a PR cellular signaling pathway in a subject based on expression levels of three or more target genes of the PR cellular signaling pathway measured in a sample of the subject. The present invention further relates to an apparatus, to a non-transitory storage medium, and to a computer program for inferring activity of a PR cellular signaling pathway in a subject. The present invention further relates to a kit for measuring expression levels of three or more target genes of the PR cellular signaling pathway in a sample of a subject, to a kit for inferring activity of a PR cellular signaling pathway in a subject, and to the use of such kits in performing the method.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06N 7/00 - Agencements informatiques fondés sur des modèles mathématiques spécifiques
• G06N 3/00 - Agencements informatiques fondés sur des modèles biologiques

Abrégé

The present application mainly relates to specific methods for inferring activity of a cellular signaling pathway in tissue and/or cells of a medical subject based at least on expression levels of one or more target gene(s) of the cellular signaling pathway measured in an extracted sample of the tissue and/or cells of the medical subject, an apparatus comprising a digital compressor configured to perform such methods and a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such methods.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06N 5/04 - Modèles d’inférence ou de raisonnement
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression

Produits et services

Pharmaceutical and medical preparations for the diagnosis and treatment of cancer; diagnostic preparations for medical purposes and diagnostic materials, namely, formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue samples, polymerase chain reaction (PCR) assays, PCR plate foils, RT-qPCR testing plates, PCR test plates; medical diagnostic reagents, diagnostic reagent tests and test kits comprising FFPE tissue samples, PCR assays, PCR plate foils, RT-qPCR testing plates, PCR test plates for testing human body material; medical diagnostic reagents and assays for testing; tests for determining genetic material, consisting of reagents for medical purposes; diagnostic biomarker reagents for medical use Medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease; medical examination services; medical and healthcare services in the field of DNA, RNA, genetics and genetic testing; Medical information, advice, and consulting services

Produits et services

Chemical products for scientific purposes; biological preparations for use in science; diagnostic preparations for clinical or medical laboratory purposes; diagnostic preparations for research laboratory use; reagents for scientific or research purposes, including medical research Scientific, research and teaching apparatus, instruments and simulators, namely, centrifuges used as laboratory apparatus, laboratory thermocyclers for real time PCR detection, PCR plate foils, RT-qPCR testing plates, PCR test plates, medical diagnostic simulators for use as teaching aids for real time or quantitative PCR and analysis, and medical laboratory research instruments for detecting DNA; laboratory test equipment, namely, PCR plate foils, RT-qPCR testing plates, PCR test plates for use in diagnostic testing, not for medical purposes; analyzers for use in research laboratories for measuring, testing and analyzing bodily materials, namely, blood and other bodily fluids containing DNA; electrical apparatus for the genetic modification of cells for research purposes; quantitative and real time polymerase chain reaction (PCR) instruments for scientific use; data processing equipment; recorded or downloadable software, software platforms, software packages and software applications for collecting and analyzing data, in the field of medical and diagnostic testing; downloadable electronic publications, namely, books, periodicals, magazines, newspapers, pamphlets, brochures, publications, educational and teaching materials in the field of medical and diagnostic testing; media content, namely, downloadable educational multimedia files, featuring medical and diagnostic testing; downloadable podcasts in the field of medical and diagnostic testing; parts of the aforesaid goods Scientific and technological services, namely, analysis and testing in the field of DNA, RNA, genetics, cell biology and PCR ; quality control for others and authentication services in the field of DNA, RNA and PCR testing and measurement and associated data validation; medical and pharmaceutical research services; design and development of medical testing and analysis methods; medical and genetic research and development of drugs and treatment methods for diseases; design and development of diagnostic equipment, instruments and test procedures for medical and pharmaceutical purposes; genetic data mining; designing, developing, testing, programming, installing, updating, upgrading, implementing, maintaining and providing temporary use of online non-downloadable software and computer programs for accessing databases, portals and platforms; information technology services for the pharmaceutical and healthcare industry, namely, data security and hosting services and analysis of genetic and RNA sequencing data files and data validation; development of computer programs for use in the field of medicine and health care; technical advice relating to the design of computer hardware and software relating to the aforesaid analysis of genetic and RNA sequencing data files and data validation services, providing scientific research information relating to medical diagnostic and testing via electronic networks such as the Internet Medical and healthcare services; medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease; conducting medical examinations and tests for diagnostic or treatment purposes; medical and health services in the field of DNA, RNA, genetics and genetic testing; medical and health advice, consultancy and information relating to the aforesaid services via electronic networks such as the Internet

Abrégé

The invention relates to a method for characterizing a cell or tissue culture sample based on multiple cellular signaling pathway activities. The cellular signaling pathway activities are preferably determined based on expression levels of target genes of the respective pathways. The invention further describes products useful for the method having primers for the detection of pathway target genes, and uses of the product.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6881 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour le typage de tissu ou de cellule, p. ex. sondes d’antigène leucocytaire humain [HLA]
• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; Design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Abrégé

The invention relates to methods based on gene expression levels to predict treatment response to an anti-TNFalpha compound in inflammatory bowel disease patients based on a pre-treatment biopsy, and a method of determining the treatment effectiveness of such treatment based on a biopsy obtained after initiation of the treatment with an anti-TNFalpha compound. The prediction is based on the determination of cellular signaling pathway activity, in particular a pathway selected from TGFbeta, NFkB, MAPK-AP1, STAT3 and WNT, preferably wherein the cellular signaling pathway is selected from TGFbeta and NFkB. When determining the treatment effectiveness, the cellular signaling pathway is AR and/or MAPK- AP1 if the IBD is UC and wherein if the IBD is CD, the cellular signaling pathway is MAPK-AP1 and/or NFkB. The invention further relates to the use of anti-TNFalpha compounds in the treatment of Inflammatory bowel disease wherein the treatment is combined with the method for predicting treatment response and only administered when a favorable response is predicted. Lastly, the invention relates to kits and uses thereof in the methods described herein.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique
• G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
• A61K 39/395 - AnticorpsImmunoglobulinesImmunsérum, p. ex. sérum antilymphocitaire

Abrégé

The present invention relates to means and methods that can be usedbased on a blood sample of a subject having sepsis, a subject suspected to have sepsis or a subject at risk to develop sepsis, to diagnose the subject with sepsis. The methods can further be used for making a prediction, e.g. whether the subject is likely to develop sepsis, or whether the subject has a high mortality risk as a result of sepsis. The invention further provides for compounds for use in the treatment or prevention of sepsis.

Classes IPC  ?

• A61P 5/28 - Antiandrogènes
• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect a MAPK-AP-1 cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least three unique target genes of the MAPK-AP-1 cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of MAPK-AP-1 cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G06N 5/02 - Représentation de la connaissanceReprésentation symbolique
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le calcul des indices de santéTIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G06N 20/00 - Apprentissage automatique
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16C 20/70 - Apprentissage automatique, exploration de données ou chimiométrie
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p. ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p. ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G06N 7/01 - Modèles graphiques probabilistes, p. ex. réseaux probabilistes

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect a JAK-STAT3 cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least three unique target genes of the JAK-STAT3 cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of JAK-STAT3 cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C40B 10/00 - Évolution moléculaire dirigée des macromolécules, p. ex. ARN, ADN ou protéines
• C40B 20/00 - Procédés spécialement adaptés à l'identification des éléments d'une bibliothèque
• G01N 33/68 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect a JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least three unique target genes of the JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/6844 - Réactions d’amplification d’acides nucléiques
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• G06N 7/00 - Agencements informatiques fondés sur des modèles mathématiques spécifiques

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect a Notch cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least three unique target genes of the Notch cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of Notch cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
• G06F 19/20 - pour l'hybridation ou l'expression génique, p.ex. microréseaux, séquençage par hybridation, normalisation, profilage, modèles de correction de bruit, estimation du ratio d'expression, conception ou optimisation de sonde
• G06F 19/12 - pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; Design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and Healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect TGF-β cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of one or more unique target gene(s) of the TGF-β cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of TGF-β cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• A61B 5/00 - Mesure servant à établir un diagnostic Identification des individus
• G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06F 19/22 - pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de polymorphismes de nucléotides simples [SNP] ou alignement de séquences
• G06F 19/12 - pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
• G06F 19/20 - pour l'hybridation ou l'expression génique, p.ex. microréseaux, séquençage par hybridation, normalisation, profilage, modèles de correction de bruit, estimation du ratio d'expression, conception ou optimisation de sonde
• G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing for determining the tumor-driving signaling pathways in a broad range of cancers [ Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments, in particular, apparatus and instruments for RNA extraction and real-time polymerase chain reaction (qPCR) for use in medical and healthcare diagnostic testing ] Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, tests and testing procedures Medical and healthcare services, namely, medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease

Produits et services

Software for use in the field of medical and healthcare diagnostic testing. Medical, surgical and healthcare apparatus and instruments in particular such apparatus and instruments for use in medical and healthcare diagnostic testing. Medical and healthcare research; development of computer programs for use in the medical and healthcare field; Design and development of medical and healthcare diagnostic apparatus, instruments, test and testing procedures. Medical and Healthcare services, including medical and healthcare testing services relating to the diagnosis and treatment of disease.

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect NFkB cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of at least six unique target genes of the NFkB cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of NFkB cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer
• A61K 31/336 - Composés hétérocycliques ayant l'oxygène comme seul hétéro-atome d'un cycle, p. ex. fungichromine ayant des cycles à trois chaînons, p. ex. oxirane, fumagilline
• A61K 31/416 - 1,2-Diazoles condensés avec des systèmes carbocycliques, p. ex. indazole
• A61K 38/05 - Dipeptides
• A61K 31/4985 - Pyrazines ou pipérazines condensées en ortho ou en péri avec des systèmes hétérocycliques
• A61K 31/573 - Composés contenant des systèmes cycliques du cyclopenta[a]hydrophénanthrèneLeurs dérivés, p. ex. stéroïdes substitués en position 17 bêta par une chaîne à deux atomes de carbone, p. ex. prégnane ou progestérone substitués en position 21, p. ex. cortisone, dexaméthasone, prednisone ou aldostérone
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G06G 7/58 - Calculateurs analogiques pour des procédés, des systèmes ou des dispositifs spécifiques, p. ex. simulateurs pour des processus chimiques

Abrégé

The present invention relates to a method comprising inferring activity of a PI3K cellular signaling pathway in a tissue and/or cells and/or a body fluid of a medical subject based at least on expression levels of one or more target gene(s) of the PI3K cellular signaling pathway measured in an extracted sample of the tissue and/or the cells and/or the body fluid of the medical subject. The present invention further relates to an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method.

Classes IPC  ?

• G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16C 99/00 - Matière non prévue dans les autres groupes de la présente sous-classe
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

The present invention relates to a computer-implemented method for inferring activity of a TGF-ß cellular signaling pathway in a subject based on expression levels of three or more target genes of the TGF-ß cellular signaling pathway measured in a sample of the subject. The present invention further relates to an apparatus, to a non-transitory storage medium, and to a computer program for inferring activity of a TGF-ß cellular signaling pathway in a subject. The present invention further relates to a kit for measuring expression levels of three or more target genes of the TGF-ß cellular signaling pathway in a sample of a subject, to a kit for inferring activity of a TGF-ß cellular signaling pathway in a subject, and to the use of such kits in performing the method.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

A bioinformatics process which provides an improved means to detect TGF-β cellular signaling pathway in a subject, such as a human, based on the expression levels of one or more unique target gene(s) of the TGF-β cellular signaling pathway measured in a sample. The invention includes an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method. Kits are also provided for measuring expression levels of unique sets of TGF-β cellular signaling pathway target genes.

Classes IPC  ?

• G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
• A61B 5/00 - Mesure servant à établir un diagnostic Identification des individus
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06F 19/22 - pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de polymorphismes de nucléotides simples [SNP] ou alignement de séquences
• G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
• G06G 7/58 - Calculateurs analogiques pour des procédés, des systèmes ou des dispositifs spécifiques, p. ex. simulateurs pour des processus chimiques
• G06F 19/12 - pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
• G06F 19/20 - pour l'hybridation ou l'expression génique, p.ex. microréseaux, séquençage par hybridation, normalisation, profilage, modèles de correction de bruit, estimation du ratio d'expression, conception ou optimisation de sonde
• G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification

Abrégé

The present application mainly relates to specific methods for inferring activity of a cellular signaling pathway in tissue and/or cells of a medical subject based at least on expression levels of one or more target gene(s) of the cellular signaling pathway measured in an extracted sample of the tissue and/or cells of the medical subject, an apparatus comprising a digital compressor configured to perform such methods and a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such methods.

Classes IPC  ?

• G01N 33/48 - Matériau biologique, p. ex. sang, urineHémocytomètres
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06N 5/04 - Modèles d’inférence ou de raisonnement
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs

Abrégé

The present invention relates to a method comprising inferring activity of a PI3K cellular signaling pathway in a tissue and/or cells and/or a body fluid of a medical subject based at least on expression levels of one or more target gene(s) of the PI3K cellular signaling pathway measured in an extracted sample of the tissue and/or the cells and/or the body fluid of the medical subject. The present invention further relates to an apparatus comprising a digital processor configured to perform such a method, a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such a method, and a computer program comprising program code means for causing a digital processing device to perform such a method.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle

Abrégé

The present application mainly relates to specific methods for inferring activity of a cellular signaling pathway in tissue and/or cells of a medical subject based at least on expression levels of one or more target gene(s) of the cellular signaling pathway measured in an extracted sample of the tissue and/or cells of the medical subject, an apparatus comprising a digital compressor configured to perform such methods and a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such methods.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéinesEstimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Abrégé

The present application mainly relates to specific methods for inferring activity of one or more cellular signaling pathway(s) in tissue of a medical subject based at least on the expression level(s) of one or more target gene(s) of the cellular signaling pathway(s) measured in an extracted sample of the tissue of the medical subject, an apparatus comprising a digital compressor configured to perform such methods and a non-transitory storage medium storing instructions that are executable by a digital processing device to perform such methods.

Classes IPC  ?

• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiquesTIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p. ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/30 - Détection de sites de liaison ou de motifs
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridationTIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines