Abrégé

The invention relates to methods for identifying and using markers of disease, in particular based on methylation levels in cfDNA CpG loci.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• G16B 35/20 - Criblage de bibliothèques
• G16H 10/40 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données relatives aux analyses de laboratoire, p. ex. pour des analyses d’échantillon de patient
• G16H 10/60 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données spécifiques de patients, p. ex. pour des dossiers électroniques de patients
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le calcul des indices de santéTIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients

Abrégé

Methods for assessment of subjects with hematuria and/or other suspicious urinary tract symptoms indicative of malignancy are provided, which are particularly useful for detecting primary bladder cancer or alternatively ruling-out bladder cancer (particularly high-grade bladder cancer) in these subjects. The methods provided are based on analysis of DNA methylation markers in DNA from cells of urine samples of the subjects.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/44 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase une estérase
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

Methods and kits for identification of lung cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

Various compositions and methods are disclosed in which a plurality of restriction enzymes, including methylation-sensitive and/or methylation-dependent restriction enzymes, are used for the analysis of cfDNA. Useful combinations can be inactivated by heating to 65° C., ideally for longer than 15 minutes. Restriction digestion of cfDNA can occur for 11 hours or less. Digestion may be followed by amplification and/or sequencing steps.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/34 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une hydrolase
• C12Q 1/48 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir une transférase
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage

Abrégé

Provided herein are devices, systems, kits and methods for predicting or determining the gender of a fetus using cell free fetal nucleic acids in a small amount of maternal biological sample. Devices can be used at point of need during early stages of pregnancy and are compatible with communication devices.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

Methods for applying machine learning algorithms to nucleic acid sequencing-based diagnostics tests for detection of copy number variation and other genomic abnormalities are described.

Classes IPC  ?

• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G06N 3/044 - Réseaux récurrents, p. ex. réseaux de Hopfield
• G06N 3/045 - Combinaisons de réseaux
• G16H 10/60 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données spécifiques de patients, p. ex. pour des dossiers électroniques de patients
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le calcul des indices de santéTIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients

Abrégé

The present invention provides according to some aspects methods and kits for determining the efficiency of plasma separation from whole blood using quantitative PCR amplification of two amplicons, namely, a short amplicon of e.g. 70-150 bps and a long amplicon of e.g. 350-600 bps. The separation efficiency is determined based on the difference in amplification levels of the two amplicons. Advantageously, the separation efficiency is determined without absolute quantification of DNA and/or determination of copy number of any gene/locus.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative

Abrégé

Compositions and methods for DNA amplification following a DNA digestion reaction are provided. In particular embodiments, reaction buffers comprising a chelating agent are provided. The provided reaction buffers obviate the need for a dilution and/or a purification step between the DNA digestion and the DNA amplification.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Methods for the processing and analysis of blood samples obtained with blood collection tubes that reduce contamination of cfDNA by genomic DNA but that inhibit digestion by methylation-sensitive and/or methylation-dependent restriction enzymes.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage

Abrégé

Compositions and methods are provided, for preparing DNA libraries for high- throughput sequencing following methylation-sensitive and/or methylation-dependent enzymatic digestion of the DNA. The provided compositions and methods obviate the need to clean-up the DNA sample between the digestion step and subsequent library preparation steps. The provided compositions and methods are particularly advantageous for library preparation from small amounts of DNA, such as cell-free DNA from body fluid samples.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

In some aspects, the present disclosure provides a method for analyzing cell free DNA (cfDNA). The method can comprise obtaining a biological sample derived from a subject, wherein the biological sample comprises cfDNA. The method can comprise enriching a proportion of cfDNA within the biological sample. The method can comprise sequencing the cfDNA enriched biological sample using low-coverage, genome-wide nucleic acid sequencing. The method can comprise identifying a plurality of minority components present in the sequenced cfDNA enriched biological sample. The method can comprise assigning a designation that represents a low-confidence estimate of minor variant frequency to individual identified minority components present in the sequenced cfDNA enriched biological sample. The method can comprise averaging a plurality of low-confidence estimates of minor variant frequency across a plurality of sequenced genomic loci to produce an estimation of minority component frequency in the cfDNA enriched biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• G16B 30/10 - Alignement de séquenceRecherche d’homologie
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le calcul des indices de santéTIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Abrégé

The present application provides tools for rapidly, accurately, and accessibly quantifying endonuclease activity. The system is broadly capable of qualifying enzymatic reagents, detecting chemical inhibitors, and optimizing reaction conditions. Minimal adaptations could further enable use in high-throughput screens for enhancers or inhibitors of specific endonucleases. In this context, the present invention demonstrates the utility of mitochondrial DNA (mtDNA) - which is abundant in plasma as cell-free DNA ("cfDNA") and naturally has minimal methylation - as an endogenous digestion control system in MSRE-dependent methylation assays. While demonstrated in the context of qPCR, the control endogenous digestion control systems of the present invention are broadly applicable to MSRE-dependent methylation assays generally, and particularly to those assays that use a multiplex of MSREs having different recognition sequences.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12N 9/22 - Ribonucléases
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative

Abrégé

Methods and systems for personalized cancer management and monitoring are provided, such as evaluating minimal residual disease (MRD), monitoring tumor recurrence, predicting and monitoring response to treatment and prognosis, based on detection and tracking of tumor-associated DNA methylation changes in cell-free DNA samples, particularly cell-free DNA from plasma samples.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• G01N 1/22 - Dispositifs pour prélever des échantillons à l'état gazeux
• G01N 33/96 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir un étalon de contrôle du sang ou du sérum

Abrégé

Methods and kits for determining the efficiency of plasma separation from whole blood are provided, which use PCR amplification or high-throughput sequencing data of genomic loci that are present at different concentrations in plasma DNA and in whole blood DNA.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• G01N 33/96 - Analyse chimique de matériau biologique, p. ex. de sang ou d'urineTest par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligandsTest immunologique faisant intervenir un étalon de contrôle du sang ou du sérum
• G01N 1/22 - Dispositifs pour prélever des échantillons à l'état gazeux

Abrégé

Methods and systems for highly sensitive detection of methylation changes in DNA samples are provided, particularly in DNA samples obtained from biological fluids such as plasma and urine.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

In some aspects, the present disclosure provides a method for analyzing cell free DNA (cfDNA). The method can comprise obtaining a biological sample derived from a subject, wherein the biological sample comprises cfDNA. The method can comprise enriching a proportion of cfDNA within the biological sample. The method can comprise sequencing the cfDNA enriched biological sample using low-coverage, genome-wide nucleic acid sequencing. The method can comprise identifying a plurality of minority components present in the sequenced cfDNA enriched biological sample. The method can comprise assigning a designation that represents a low-confidence estimate of minor variant frequency to individual identified minority components present in the sequenced cfDNA enriched biological sample. The method can comprise averaging a plurality of low-confidence estimates of minor variant frequency across a plurality of sequenced genomic loci to produce an estimation of minority component frequency in the cfDNA enriched biological sample.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide

Abrégé

The invention provides methods for ultra-deep whole-genome sequencing of human DNA. The methods determine the methylation status of millions of sites in the human genome, wherein said methods use few (if any) DNA amplification cycles.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

The invention provides methods, systems and kits for diagnosing lung cancer (and particularly early- stage and/or high-grade lung cancer) in a subject, staging and grading the cancer, evaluating post¬ treatment disease recurrence, monitoring treatment efficacy and providing prognosis, by analysing DNA methylation markers in cell-free DNA from a sample of the subject.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles

Abrégé

Methods for evaluating and managing the treatment of non-muscle-invasive bladder cancer (NMIBC) patients are provided, which are particularly useful for adjusting/deciding a treatment plan for these patients. The methods provided are based on analysis of DNA methylation markers in DNA from cells of urine samples of the subjects.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• A61K 39/07 - Bacillus
• A61P 35/00 - Agents anticancéreux

Classes IPC  ?

• C12N 9/14 - Hydrolases (3.)
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

Methods and systems for genetic and epigenetic profiling of DNA samples and detecting genetic and epigenetic changes in DNA samples are provided, which involve digestion of DNA with methylation-sensitive restriction enzymes, followed by high-throughput sequencing and analysis of sequence reads. Advantageously, the methods and systems of the present invention are sensitive yet accurate, and enable working with very low amounts of DNA and receive vast amount of information, including methylation data, mutation data and more, based on sequencing data from a single run.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang
• C12N 9/14 - Hydrolases (3.)

Abrégé

Methods and kits for detection of cancer-related mutations in a DNA sample using enzymatic restriction and real-time PCR. A DNA sample is subjected to digestion with a restriction endonuclease to obtain restriction endonuclease-treated DNA, followed by co-amplification of a restriction locus comprising a cancer mutation site and a control locus. A ratio of signal intensities of the amplification products of the restriction locus and the control locus is used to detect the cancer-related mutation.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12N 5/09 - Cellules tumorales
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/66 - Méthodes générales pour insérer un gène dans un vecteur pour former un vecteur recombinant, utilisant le clivage et la ligatureUtilisation de linkers non fonctionnels ou d'adaptateurs, p. ex. linkers contenant la séquence pour une endonucléase de restriction
• C12Q 1/6827 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer

Abrégé

Methods for assessment of subjects with hematuria and/or other suspicious urinary tract symptoms indicative of malignancy are provided, which are particularly useful for detecting primary bladder cancer or alternatively ruling-out bladder cancer (particularly high-grade bladder cancer) in these subjects. The methods provided are based on analysis of DNA methylation markers in DNA from cells of urine samples of the subjects.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p. ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Abrégé

The invention relates to methods for identifying and using markers of disease, in particular based on methylation levels in cfDNA CpG loci.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/30 - Analyse de données non supervisée
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicalesTIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p. ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16H 10/65 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données spécifiques de patients, p. ex. pour des dossiers électroniques de patients stockées sur des supports d’enregistrement portables, p. ex. des cartes à puce, des étiquettes d’identification radio-fréquence [RFID] ou des CD

Abrégé

Methods and kits for identification of lung cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

in silico/in vitroin silico/in vitro) pipeline for rapid and efficient selection of primer sets for use in multiplex PCR reactions; reagents comprising primer sets for use in multiplex PCR reactions identified by the interlaced pipeline, and PCR reaction systems to amplify a plurality of target DNA templates in a multiplexed fashion using the primer sets identified by the interlaced pipeline.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6811 - Méthodes de sélection pour la production ou l’élaboration d’oligonucléotides spécifiques cibles ou de molécules de liaison
• G16B 25/20 - Réaction en chaîne par polyméraseConception d’amorces ou de sondesOptimisation de la sonde
• G16B 30/10 - Alignement de séquenceRecherche d’homologie

Abrégé

Methods and systems for assessing the presence of cancer in a subject and predicting the tissue source of the cancer are provided, by analyzing DNA methylation markers in cell- free DNA samples, particularly cell-free DNA from plasma samples.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction

Abrégé

Methods and systems for genetic and epigenetic profiling of DNA samples and detecting genetic and epigenetic changes in DNA samples are provided, which involve digestion of DNA with methylation-sensitive restriction enzymes, followed by high-throughput sequencing and analysis of sequence reads. Advantageously, the methods and systems of the present invention are sensitive yet accurate, and enable working with very low amounts of DNA and receive vast amount of information, including methylation data, mutation data and more, based on sequencing data from a single run.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6883 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• G16B 30/10 - Alignement de séquenceRecherche d’homologie
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide

Abrégé

Methods and kits for determining the efficiency of plasma separation from whole blood are provided, using real-time PCR amplification of two amplicons, namely, a short amplicon of e.g. 70-150 bps and a long amplicon of e.g. 350-600 bps. The separation efficiency is determined based on the difference in amplification patterns of the two amplicons.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

Various compositions and methods are disclosed in which a plurality of restriction enzymes, including methylation-sensitive and/or methylation-dependent restriction enzymes, are used for the analysis of cfDNA. Useful combinations can be inactivated by heating to 65°C, ideally for longer than 15 minutes. Restriction digestion of cfDNA can occur for 11 hours or less. Digestion may be followed by amplification and/or sequencing steps.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Methods for the processing and analysis of blood samples obtained with blood collection tubes that reduce contamination of cfDNA by genomic DNA but that inhibit digestion by methylation-sensitive and/or methylation-dependent restriction enzymes.

Classes IPC  ?

• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction

Abrégé

Various compositions and methods are disclosed in which a plurality of restriction enzymes, including methylation-sensitive and/or methylation-dependent restriction enzymes, are used for the analysis of cfDNA. Useful combinations can be inactivated by heating to 65°C, ideally for longer than 15 minutes. Restriction digestion of cfDNA can occur for 11 hours or less. Digestion may be followed by amplification and/or sequencing steps.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Compositions and methods for DNA amplification following a DNA digestion reaction are provided. In particular embodiments, reaction buffers comprising a chelating agent are provided. The provided reaction buffers obviate the need for a dilution and/or a purification step between the DNA digestion and the DNA amplification.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles

Abrégé

Methods and systems for personalized cancer management and monitoring are provided, such as evaluating minimal residual disease (MRD), monitoring tumor recurrence, predicting and monitoring response to treatment and prognosis, based on detection and tracking of tumor-associated DNA methylation changes in cell-free DNA samples, particularly cell-free DNA from plasma samples.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/6827 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme
• C12Q 1/6811 - Méthodes de sélection pour la production ou l’élaboration d’oligonucléotides spécifiques cibles ou de molécules de liaison

Abrégé

Methods and systems for highly sensitive detection of methylation changes in DNA samples are provided, particularly in DNA samples obtained from biological fluids such as plasma and urine.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

The invention provides methods for ultra-deep whole-genome sequencing of human DNA. The methods determine the methylation status of millions of sites in the human genome, wherein said methods use few (if any) DNA ammplification cycles.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction

Produits et services

Biochemical reagents for non-medical purposes; diagnostic preparations and reagents for scientific or research use; chemical and diagnostic preparations for clinical or medical laboratory use Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; medical diagnostic assay kits comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD) autoimmune disease and neurological disease for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic reagents and assays for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease in the field of cancer detection or detection, detection of chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; diagnostic reagents for medical purposes Medical apparatus for medical diagnostic testing in the fields of cancer or chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease Pharmaceutical research and development; consulting services in the field of biotechnology; consulting services in the field of pharmaceutical research and development; custom design and development of chemical reagents and biochemical assays Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; medical analysis for the diagnosis of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease and prognosis of expected progression of the diseases; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease; providing cancer screening services; providing medical screening services for chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease; providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease

Produits et services

Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer and precancerous conditions for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer and precancerous conditions; medical diagnostic assay kits comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer and precancerous conditions for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer and precancerous conditions; medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic Apparatus for medical diagnostic testing in the field of cancer Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; medical analysis for the diagnosis of cancer and prognosis of expected progression of the disease; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer; providing medical screening services for cancer diagnosis and treatment of cancer; providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer

Produits et services

Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; medical diagnostic assay kits comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic reagents and assays for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease in the field of cancer detection, detection of or chronic obstructive pulmonary disease (COPD), autoimmune disease and neurological disease; diagnostic reagents for medical purposes Medical apparatus for medical diagnostic testing in the fields of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; medical analysis for the diagnosis of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease and prognosis of expected progression of the diseases; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease; providing cancer screening services; providing medical screening services for chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease; providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and autoimmune disease and neurological disease

Produits et services

Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions and chronic obstructive pulmonary disease (COPD); medical diagnostic assay kits comprised of medical diagnostic reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer, precancerous conditions and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions and chronic obstructive pulmonary disease (COPD); medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic reagents and assays for testing of bodily fluids for use in disease detection, namely, cancer, precancerous conditions and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) in the field of cancer detection and detection of chronic obstructive pulmonary disease (COPD) Medical apparatus for medical diagnostic testing in the fields of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; medical analysis for the diagnosis of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and prognosis of expected progression of the diseases; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD); providing cancer screening services; providing medical screening services for chronic obstructive pulmonary disease (COPD); providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer and chronic obstructive pulmonary disease (COPD)

Abrégé

Provided herein are devices, systems, kits and methods for obtaining genetic information from cell-free fetal nucleic acids in ultra-low amounts of biological samples. Due to the convenience of obtaining ultra-low amounts of samples, devices, systems, kits and methods can be at least partially employed at a point of need.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• A61B 5/15 - Dispositifs de prélèvement d'échantillons de sang
• A61B 5/157 - Dispositifs de prélèvement d'échantillons de sang caractérisés par des moyens intégrés pour mesurer des caractéristiques du sang
• G01N 1/10 - Dispositifs pour prélever des échantillons à l'état liquide ou fluide
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage

Abrégé

Provided are systems and methods of sample preparation and analyte detection.

Classes IPC  ?

• G01N 33/543 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet avec un support insoluble pour l'immobilisation de composés immunochimiques
• G01N 33/53 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet
• C12Q 1/6804 - Analyse d’acides nucléiques utilisant des immunogènes
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN

Abrégé

Methods and systems for assessing the presence of cancer in a subject and predicting the tissue source of the cancer are provided, by analyzing DNA methylation markers in cell- free DNA samples, particularly cell-free DNA from plasma samples.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

Methods and systems for highly sensitive detection of methylation changes in DNA samples are provided, particularly in DNA samples obtained from biological fluids such as plasma and urine.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

Described are computer-implemented methods, systems, and platforms for monitoring biological data of a subject, and providing real-time recommendations to the user related to a change in the subjects health status. Disclosed herein are sampling devices in communication with at least one computer processor of the systems and platforms described herein, which sampling devices are configured to measure the level, presence, or absence of a one or more biomarkers indicative of the subjects health status.

Classes IPC  ?

• G01N 33/53 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p. ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients

Abrégé

Methods and systems for genetic and epigenetic profiling of DNA samples and detecting genetic and epigenetic changes in DNA samples are provided, which involve digestion of DNA with methylation-sensitive restriction enzymes, followed by high- throughput sequencing and analysis of sequence reads. Advantageously, the methods and systems of the present invention are sensitive yet accurate, and enable working with very low amounts of DNA and receive vast amount of information, including methylation data, mutation data and more, based on sequencing data from a single run.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles

Abrégé

Methods and systems for genetic and epigenetic profiling of DNA samples and detecting genetic and epigenetic changes in DNA samples are provided, which involve digestion of DNA with methylation-sensitive restriction enzymes, followed by high- throughput sequencing and analysis of sequence reads. Advantageously, the methods and systems of the present invention are sensitive yet accurate, and enable working with very low amounts of DNA and receive vast amount of information, including methylation data, mutation data and more, based on sequencing data from a single run.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6858 - Amplification spécifique d’allèles

Abrégé

Provided herein are devices, systems, kits and methods for obtaining genetic information from cell-free fetal nucleic acids in ultra-low amounts of biological samples. Due to the convenience of obtaining ultra-low amounts of samples, devices, systems, kits and methods can be at least partially employed at a point of need.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]

Abrégé

Provided herein are devices, systems, kits and methods for obtaining genetic information from cell-free fetal nucleic acids in ultra-low amounts of biological samples. Due to the convenience of obtaining ultra-low amounts of samples, devices, systems, kits and methods can be at least partially employed at a point of need.

Classes IPC  ?

• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• G01N 1/10 - Dispositifs pour prélever des échantillons à l'état liquide ou fluide
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p. ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• A61B 5/145 - Mesure des caractéristiques du sang in vivo, p. ex. de la concentration des gaz dans le sang ou de la valeur du pH du sang
• A61B 5/15 - Dispositifs de prélèvement d'échantillons de sang
• A61B 5/157 - Dispositifs de prélèvement d'échantillons de sang caractérisés par des moyens intégrés pour mesurer des caractéristiques du sang

Abrégé

Methods and kits for detection of cancer-related mutations in a DNA sample using enzymatic restriction and real-time PCR. A DNA sample is subjected to digestion with a restriction endonuclease to obtain restriction endonuclease-treated DNA, followed by co-amplification of a restriction locus comprising a cancer mutation site and a control locus. A ratio of signal intensities of the amplification products of the restriction locus and the control locus is used to detect the cancer-related mutation.

Classes IPC  ?

• C12P 19/34 - Polynucléotides, p. ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
• C12N 5/09 - Cellules tumorales
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12N 15/66 - Méthodes générales pour insérer un gène dans un vecteur pour former un vecteur recombinant, utilisant le clivage et la ligatureUtilisation de linkers non fonctionnels ou d'adaptateurs, p. ex. linkers contenant la séquence pour une endonucléase de restriction
• C12Q 1/6827 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G01N 33/574 - Tests immunologiquesTests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiquesMatériaux à cet effet pour le cancer

Abrégé

Methods and kits for determining the efficiency of plasma separation from whole blood are provided, using real-time PCR amplification of two amplicons, namely, a short amplicon of e.g. 70-150 bps and a long amplicon of e.g. 350-600 bps. The separation efficiency is determined based on the difference in amplification patterns of the two amplicons.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative

Abrégé

Methods and kits for identification of lung cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Abrégé

Methods and systems for highly sensitive detection of methylation changes in DNA samples are provided, particularly in DNA samples obtained from biological fluids such as plasma and urine.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Abrégé

Methods and systems for highly sensitive detection of methylation changes in DNA samples are provided, particularly in DNA samples obtained from biological fluids such as plasma and urine.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G01N 33/49 - Analyse physique de matériau biologique de matériau biologique liquide de sang

Produits et services

Computer security services, namely, computer security threat analysis for protecting data; computer security consultancy in the field of scanning and penetration testing of computers and networks to assess information security vulnerability; development of security systems and contingency planning for information systems; maintenance of computer software relating to computer security and prevention of computer risks

Abrégé

Methods and kits for determining the efficiency of plasma separation from whole blood are provided, using real-time PCR amplification of two amplicons, namely, a short amplicon of e.g. 70-150 bps and a long amplicon of e.g. 350-600 bps. The separation efficiency is determined based on the difference in amplification patterns of the two amplicons.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/08 - Détermination quantitative utilisant des milieux polyvalents
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12N 15/10 - Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]

Produits et services

Biochemical reagents for non-medical purposes; diagnostic preparations and reagents for scientific or research use; chemical and diagnostic preparations for clinical or medical laboratory use Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer or precancerous conditions; medical diagnostic assay kits comprised of reagents for use in identifying and measuring changes associated with cancer or precancerous conditions; medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic reagents and assays for use in the field of cancer detection; diagnostic reagents for medical purposes Apparatus for medical diagnostic testing in the field of cancer Pharmaceutical research and development; consulting services in the fields of biotechnology and pharmaceutical research and development; custom design and development of chemical reagents and biochemical assays Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; medical analysis for the diagnosis of cancer and prognosis of expected progression of the disease; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer; providing cancer screening services; providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer

Abrégé

Methods and kits for identification of lung cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques

Abrégé

Methods and kits for identification of lung cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques

Abrégé

Methods and kits for detection of cancer-related mutations are provided, using enzymatic restriction and real-time PCR.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/683 - Tests d’hybridation pour la détection de mutation ou de polymorphisme faisant intervenir des enzymes de restriction, p. ex. polymorphisme de longueur de fragment de resctriction
• C12Q 1/6851 - Amplification quantitative
• C12Q 1/686 - Réaction en chaine par polymérase [PCR]
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Methods are provided for identification of bladder cancer in a subject comprising (a) applying DNA from a urine sample to digestion with a methylation-sensitive restriction endonuclease, (b) co-amplifying from the treated DNA a restriction locus and a control locus, (c) calculating a ratio between signal intensities of the amplification products of the restriction locus and the control locus; and (d) comparing the ratio to one or more reference ratios from healthy or bladder cancer subjects.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques

Abrégé

Methods and kits for identification of bladder cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques

Abrégé

Methods and kits for identification of bladder cancer in a subject based on alterations in DNA methylation at selected genomic loci are provided.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• G06F 19/00 - Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques (spécialement adaptés à des fonctions spécifiques G06F 17/00;systèmes ou méthodes de traitement de données spécialement adaptés à des fins administratives, commerciales, financières, de gestion, de surveillance ou de prévision G06Q;informatique médicale G16H)
• A61N 5/10 - RadiothérapieTraitement aux rayons gammaTraitement par irradiation de particules

Produits et services

Diagnostic preparations for clinical or medical laboratories for use in the field of cancer detection Diagnostic test kits for medical and clinical use comprised of markers for use in identifying and measuring changes associated with cancer or precancerous conditions; medical diagnostic assay kits comprised of markers for use in identifying and measuring changes associated with cancer or precancerous conditions; medical diagnostic kits comprised of medical diagnostic markers for use in the field of cancer detection Apparatus for medical diagnostic testing in the field of cancer [ Pharmaceutical research and development; consulting services in the fields of biotechnology and pharmaceutical research and development; custom design and development of chemical reagents and biochemical assays, all in the field of cancer and precancerous conditions ] [ Consulting services in the field of health; consulting services in the field of diagnostic medical testing; ] medical analysis for the diagnosis of cancer and prognosis of expected progression of the disease; medical testing for diagnostic or treatment purposes in the fields of the detection and treatment of cancer; providing cancer screening services; providing a website featuring information in the fields of the diagnosis and treatment of cancer

Abrégé

The present application describes methods for accurate and cost-effective categorization of DNA samples into different types of in vitro generated DNA or different types of natural DNA such as from different tissues and/or physiological/pathologicalstates. The invention achieves categorization by comparing "signal ratios" that are correlated to ratios of methylation levels at specific genomic loci, but does not rely on calculation of actual methylation levels at any genomic locus. Therefore the disclosedinventive method eliminates the requirement for external DNA species and controls, thereby simplifying and increasing the accuracy of the assay. The described inventive technology also enables performing the categorization of DNA together with DNA profiling in the same reaction, thereby allowing for concomitant categorization and determination of identity of the samples.

Classes IPC  ?

• C07H 21/04 - Composés contenant au moins deux unités mononucléotide comportant chacune des groupes phosphate ou polyphosphate distincts liés aux radicaux saccharide des groupes nucléoside, p. ex. acides nucléiques avec le désoxyribosyle comme radical saccharide
• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/6844 - Réactions d’amplification d’acides nucléiques
• C12Q 1/6876 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p. ex. amorces ou sondes

Abrégé

The present invention provides methods for verifying the authenticity of biological samples containing nucleic acid molecules. The methods enable to distinguish between in vitro generated DNA and in vivo generated DNA and can be used in forensics to assure that DNA profiles produced from crime scene samples are genuine. The methods employ an array of nucleic acid based procedures for verifying the authenticity of a DNA sample such as polymerase chain reaction, sodium bisulfite treatment, and methylation-sensitive endonuclease digestion. The invention further provides kits for verifying the authenticity of biological samples containing nucleic acids employing the methods and reagents described in the invention.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismesCompositions à cet effetProcédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques